位处日本京都近郊的荒凉山区，一名身材壮硕的健美巨人，面临着生死关头，因为一头同样庞大的鸟形怪兽，正残忍的用尖锐的嘴喙不断啄食在地面挣扎的巨人。
仔细一看，这名巨人不就是超人力霸王吗？
超人力霸王上回不是在多多良岛，眼看就要被力量惊人的骷髏怪兽雷德王活活撕成碎片而死吗？怎么又出现在此，再度陷入生不如死的悲惨命运呢？
原来就在超人力霸王被雷德王蹂躪到只剩下头部之际，多多良岛的火山再度喷发，整座小岛沉入海中，雷德王来不及闪避，与多多良岛一起埋入海沟之中而灭亡，只剩下一颗头颅的超人力霸王幸运逃过死劫，凭藉强大的再生能力而復原。
但是又一场艰辛的血战正在等着早田进与超人力霸王。
日本京都市郊有一座歷史悠久的食品工厂，新接手的经营人不顾商业道德，为了赚取暴利而使用政府禁止的药物级添加物製造食材，剩馀的添加物则随意丢弃。
一隻普通的乌鸦吃了大量的添加物，竟然突变成一隻身高36公尺、体重15000公吨的有翼怪兽强德拉，日本政府随即派出「科学特搜队」，阻止强德拉前往破坏京都城。