蓋先祖以為中國之大，非一時能悉改變，故欲先以湘省為全國之模楷，至若全國改革，則必以中央政府為領導。當時中央政權實屬於那拉後，如那拉後不欲變更舊制，光緒帝既無權力，更激起母子間之衝突，大局遂不可收拾矣。
在《讀吳其昌撰梁啓超傳書後》文中，他說得更清楚，當時參與推動變法的人有兩個完全不同的思想源流，不可混為一談。其中一源以康有為為代表，“治今文公羊之學，附會孔子改制以言變法”。另一源就是從郭嵩燾到他祖父、父親這些人，“歷驗世務欲借鏡西國以變神州舊法者”。當年英法聯軍攻進北京，火燒圓明園，他祖父正好在京，在一個酒樓飲酒，目睹火光沖天，拍桌號啕，旁邊的人無不為之動容，於是悲憤南歸，“其後治軍治民，益知中國舊法之不可不變”。以後，在湖南與比他年長十幾歲的郭嵩燾相識、結交，極為傾服。郭出使西方，因為推崇西方文明，而被守舊的士大夫視為漢奸國賊，人人慾殺之而後快。陳三立在一篇文章中對郭有過極高的評價：“痛言古今之變，得失之宜，數為夷務策諷議之，時不能用。”見過大世面、有世界眼光的郭評價陳寶箴“倜儻多才略”，在日記中稱許“此公見解高出時流萬萬”。陳氏父子在思想上更接近郭嵩燾、馮桂芬和張之洞，早在1884年，陳寶箴就為馮桂芬倡議變法的著作《校邠廬抗議》撰序（百日維新第三十七天，光緒帝下令將此書印發1000部）。甲午消息傳來，陳寶箴痛哭“無以為國矣”，屢次上疏痛陳利害得失。
陳三立一度對康有為五體投地，說“中國有此人，即亡如不亡”。梁啓超在《時務報》上的言論讓陳三立刮目相看，神往不已，陳寶箴也“以才辯器重啟超”。隨著變革的展開，陳三立與譚嗣同、張通典等人的分歧日益加深，譚嗣同寫給唐才常的信中抱怨陳三立和當初在武昌時“議論明通相反”，“判若兩人，尤不可解”。他們的分歧有些是具體事務上的不同看法所致，最根本的還是譚嗣同更接近康有為的急變主張，譚嗣同在《湘報》上讚美過康有為。很明顯，陳氏父子不認同康有為的激進態度，希望穩健地漸變，主張起用有經驗而穩健的重臣主持變法，陳寶箴向光緒帝推薦楊銳，就是為了下一步推張之洞。在他心目中無所謂新舊，沒有新黨、舊黨之見，只知道要應時勢而變。
陳寶箴欣賞康有為的才，不同意康有為的學，尤其不贊成借孔子託故改制，這一點康有為也深知。所以他的挽陳寶箴詩中就有“公笑吾經學，公羊同賣餅”二句。1898年5月27日，對康有為的爭議鬧得沸沸揚揚時，陳寶箴上《奏釐正學術造就人才折》：“臣聞工部主事康有為之為人，博學多材，盛名幾遍天下，譽之者有人，毀之者尤有人。譽之者無不俯首服膺，毀之者甚至痛心切齒，誠有非可以常理論之者。……當此百度維新、力圖自強之際，千人之諾諾，不如一士之諤諤。”他奏請給康有為降旨，自行銷毀《孔子改制考》版本，“既因以正誤息爭，亦借可知非進德”，對康有為其實含有曲全之意。在附片中他表示自己與康有為素無一面之雅，只是讀他的論說，認為是“通達時務，信為有用之才”。可見，陳雖對康的某些思想和冒進主張持不同看法，但在推動變法這一點上仍視為同道，他的奏摺主要還是保全康。