“不行，一定
个消息告诉皇上，”那个太监上了船，又催着马上出荣村目瞪口呆，敢情以为那些护卫队是洋兵，以为洋兵打进鸡笼，被吓跑了啊！
徐荣村没有解释，也来不及解释，他也看出刚才的形势不对，连忙赶回去，只看到叶枫正微笑着与林振皋在说话，林守备很谦卑地道：“大人现在执掌台湾军事，下官一切唯大人之命是从。”
兵备道是台湾最高军事长官，掌管台湾水陆各营数千军队，由于此前地小刀会起义，以及眼下闽浙战事，具有战斗力的军队和将领已经悉数调往福建，留在台湾的不过是些守地杂兵，不堪大用。
叶枫名正言顺拥有台湾各军地指挥权，加上大部分有能力、有权势的将领都已经被调往福建，留下来的大多是林振皋这一类缺少进取欲望，无论是能力还是声望都显不足的弱势军官，这使叶枫对军队的整编非常顺利。
台湾实行班兵制，大部分军队都是从大陆遣戍而来，只有少部分是当地人，叶枫以抽调精锐整训的名义，将其中的当地人和部分大陆士兵组成一个五百人的新营进行训练，并新募士兵五百人，与原本的护卫队组成新军，共计四个新营，两千余人。新营以外其它军队的任务是进行治安和巡查，也不指望他们有多大的战斗力。
本来这些军队的定位就是对内防范盗匪，叶枫则彻底让他们变成防盗队，至于当地的匪患，以兵备道名义进行招抚，不肯就范的，调用新军在练兵的过程中予以征剿，在平灭匪患的同时，也锻炼军队，起到实战作用。
孔昭慈被叶枫气得昏迷，醒来后长途跋涉回到府治，病情更加眼中，他向福建巡抚、闽浙总督处报告叶枫的情况，正逢石达开从浙江撤军，猛攻福建，自然无暇处理这样的事情。
孔昭慈在病榻上等待消息，没想到等来的却得到了朝廷的申斥，说他身为台湾兵备道不知掌兵，导致美国军队登陆鸡笼，差点害死上差性命，罢免他台湾知府，回家思过，同时任命叶枫兼台湾知府，从此，叶枫集台湾军政大权于一身，全面开启台湾岛的垦殖和开发，实现自己计划的第一步。
七月中旬，福建方面传来消息，清廷终于起复曾国藩，与此同时，福建前线的战事也突然安静下来，李世贤停止了对福建的攻击。
随即，华尔那边也和石达开联系上，据华尔送回的信件，石达开正在从浙江撤军，似有退往福建的迹象。
华尔向石达开转送了叶枫的信函，叶枫在信中主要是向石达开提出三个问题：首先根据地问题，叶枫认为石达开的军队要逐步发展壮大，必须建立自己的根据地，辎重和士兵才能有保证，而不能像流寇一样，打一把就走。
其次是和天朝的关系，石达开在与洪秀全分裂以后，并没有公开表明独立的态度，还是奉太平天国的旗号和官爵，叶枫认为，这会弱化他对军队的控制力，如果军事行动一旦不顺，很可能分崩离析。