在南部海域，德国潜艇也活跃起来。10月中旬，德国的“冰熊”潜艇群穿过大西洋的海峡，伏击了独立航行的运输船(其中包括命运不济的英国运输船“拉科尼亚”号9月12日，“拉科尼亚”号运输船在阿松森岛东北海域被德国U-156号潜艇击沉。U-156号潜艇发现该船装载了1800名意大利战俘和811名英军。当U-156号潜艇发出求援信号时，“冰熊”艇群中的其他潜艇遵照德国潜艇司令的命令，纷纷赶来救援。16日下午，德国潜艇拖带着数百名运输船上的幸存人员。当时尽管U-156号潜艇在艇首挂了一面红十字旗，但一架从阿松森岛起飞的美国B-24轰炸机在U-156号潜艇上空盘旋后最终对其实施了攻击。在收到这些事件的报告后，邓尼茨下令以后禁止对商船幸存人员进行救援。在纽伦堡审判中，同盟国的公诉人企图证明，“拉科尼亚号命令”实际构成一种经过掩饰的鼓励故意屠杀幸存人员的企图。但是，通过对有关事实(包括一些有名的暴行案件等)的全面调查，这种论点被推翻了。)，随后准备在开普敦附近海域发动一次进攻。U-179号潜艇当即被击沉，但其他潜艇却对好望角以东的航运造成极大的破坏，并声称于10月和11月在开普敦附近和莫桑比克海峡击沉了31艘船只。然后，它们开始返航。
邓尼茨认识到，德国的潜艇部队只有在中大西洋才能取得决定性的胜利。到1942年7月，德国潜艇的建造速度已达到每月30艘。这种潜艇数量的增长使得邓尼茨能够承担更大的风险去攻击运输船队。由于同盟国的多数飞机和水面舰艇都装备了雷达，德国潜艇面临着越来越大的危险。除此之外，同盟国这时已拥有更多的护航舰艇，从而可以组成一些有6至8艘驱逐舰、护卫舰和小型护卫舰的反潜支援大队。后来，护航航空母舰也与水面舰艇配合行动。这些支援大队配备了经验丰富的人员，它们不担负常规的护航任务，但随时准备援助那些遭受德国潜艇猛烈攻击的运输船队。
邓尼茨深知飞机护航对德国潜艇所造成的新的危险，因此，他集中力量攻击“黑坑”海域内的船只。他在这一海域的两侧设立了警戒线，这样，德国潜艇可以对从两个方向驶入“黑坑”内的运输船队实施持续的攻击，而潜艇本身可以不受飞机的袭击。同盟国商船的损失在不断增长，1942年11月已达807,754吨(注册吨位)。邓尼茨为了阻挠盟军在北非登陆，被迫减弱了潜艇在“黑坑”海域的攻势。但是随后，德国潜艇仍然继续在“黑坑”海域内实施攻击，并于1943年3月达到了高潮。
到1942年圣诞节，同盟国感到他们必须设法对付高度集中的德国潜艇司令部所具有的那种战略部署的灵活性。因此，同盟国政府首脑于1943年1月在卡萨布兰卡与盟军参谋长联席会议的成员举行了会议。他们一致同意“同盟国部队的首要任务必须是击败德国的潜艇”，并指示召开参谋会议重新调整对大西洋运输船队的控制。随后召开的华盛顿运输船队会议否决了关于建立同盟国联合反潜指挥部的政治提议，并于3月1日采纳了金海军上将的一项方案。根据此项方案，英国和加拿大继续负责对北大西洋运输船队的控制，而美国则负责中大西洋运输船队(从哈利法克斯以南的港口前往地中海和南大西洋)以及连锁运输船队系统。