撤离爪哇
经过上述海战，残存的盟军舰只分别驻泊在泗水和丹戎不碌，而被强大的日本舰队所分割。面临的问题是如何撤离爪哇海。因为日本舰队已经控制了爪哇海的各个出口。只有4艘美国驱逐舰得以逃走。28日夜，这4艘驱逐舰离开泅水港，悄悄通过巴厘海峡，与日本驱逐舰交战片刻后，便驶往澳大利亚。英国的“埃克塞特”号巡洋舰吃水过大，不能与这些驱逐舰同行，则决定西进，拟经巽他海峡撤离。途中，“埃克塞特”号及为其护航的两艘驱逐舰均被日军击沉。28日傍晚，美国巡洋舰“休斯敦”号、澳大利亚巡洋舰“佩思”号和1艘荷兰驱逐舰，驶离丹戎不碌港。23时许，该编队即将到达巽他海峡时，与日军登陆部队遭遇。但日军编有重巡洋舰的支援部队迅即赶到，仅有两艘巡洋舰的盟军编队，在30分钟的激战中，虽然首先击沉4艘日军运输船，可是最后自己也被击沉。
盟军驻泊在爪哇南海岸芝拉扎的几艘军舰，根据赫尔弗里希将军的命令，于3月1日撤离。包括美国2艘驱逐舰和1艘炮舰在内的这支盟军编队，在爪哇以南海域遭到南云航空母舰、战列舰部队的截击，但其中的大部分舰只终于驶抵澳大利亚。
日军于2月28日夜在爪哇开始登陆，迅速攻占雅加达和泗水。到3月9日，已占领全岛。由此可见，四国联军是为争取时间而投入战斗的。可是损失严重，收效甚微。然而只有在逆境中，才能显示出人的品德，才能表现出海军的真正素质。在美国海军史上，亚洲舰队与占绝对优势的日本舰队英勇奋战的业绩，是最光辉的了。
保护太平洋的交通线
在四国联军的舰队以自我牺牲的巨大代价所赢得的这段时间里，其他地区的盟军部队正在加强防御，以保障美国决心确保的交通线畅通无阻。为此，必须使美国至澳大利亚之间的几个重要基地得到加强，还要加强澳大利亚军队的建设，2月初，美国海军中将赫伯特·利里到达澳大利亚，以指挥澳、新(澳大利亚、新西兰)部队。这支部队是当四国联军部队面临厄运时，由美英联合参谋部提议组建。3月17日，麦克阿瑟到达达尔文；根据澳大利亚政府的请求，任命他为西南太平洋战区的司令，因为这是美国的战略分担区。麦克阿瑟虽制定了收复菲律宾的计划，但在当时，他还是一位光杆司令。