下次登陆的目标是比阿岛。该岛位于瓦克德岛西北，相距190海里，是伊里安湾的一个大岛。但是，由于对这里的日军兵力和企图作了错误判断，麦克阿瑟部队的快速进攻险遭厄运。据美军判断，日军在这个岛上防守较弱。5月27日，在比阿岛登陆的12000名美军本想迅速攻占该岛。可是出乎所料，日军的守岛部队超过11000人，其中有三分之一以上是训练有素的精锐部队。美军除对比阿岛的日军兵力作了错误估计外，更为不利的是对日本大本营的反击企图作了错误判断。
在比阿岛作战开始之前，5月初，丰田副武海军大将接任联合舰队司令长官，并遵照军令部的指示，停止执行前任联合舰队司令长官古贺峰一的消极防御方针，积极寻求战机，以期实施海上决战。为此，丰田司令长官下达“阿号”作战命令，要求所属部队在西加罗林群岛海域准备实施舰队决战。他的兵力部署是根据如下判断作出的：盟军将从新儿内亚岛这个唯一的方向发动攻势，第58特混舰队对麦克阿瑟部队继续进行直接支援。
于是，丰田命令其精锐部队开赴塔威塔威基地(菲律宾与婆罗洲之间)集结。这支部队就是日本海军以航空母舰为核心的第1机动舰队。显然，它是仿效美国第58特混舰队组建起来的。指挥这支机动舰队的是日本海军航空兵中首屈一指的指挥官小泽治三郎海军中将。“阿号”作战要求使用岸基航空兵来弥补航空母舰兵力的不足。因此。在日本大本营看来，比阿岛骤然变得更加重要。显而易见，无论盟军还是日军，只要以该岛为基地，其轰炸机群就能大大加强己方海军部队在预定决战海域的突击力量。不使比阿岛落入盟军手中，这对“阿号”作战是至关重要的。因此，麦克阿瑟部队对比阿岛的进攻不能不引起日军的坚决抵抗。
首先，日军将部署在中太平洋地区的航空兵几乎抽调一空。接着，又从日本本土、马里亚纳群岛和加罗林群岛等地抽调航空兵，派往新几内亚岛和哈马黑拉岛。第7舰队发挥对空炮火的威力，积极拦击相继赶来增援的日军飞机，使其不致在比阿岛上空或周围造成严重威胁。但是，日军的空袭机群仍然击伤、击毁瓦克德岛上的盟军飞机60余架，严重地削弱了比阿岛的防空力量。如果这些来自北方中纬度地区的日军飞行员不是很快就传染上疟疾或丛林热病的话，他们一定会在战斗中表现得更加活跃。在病魔施威的6月，连未患病的人员也都难以行动了。