唯有米彻尔海军中将根据他本人的愿望，继续担任快速航空母舰特混舰队(这时已改称为第38特混舰队)的指挥官。上述指挥官的调动和部队番号的变更，很容易使日军误认为第3舰队和第5舰队这两支强大的兵力在中太平洋交替出现。
正当美英联合参谋部在魁北克开会时，哈尔西乘旗舰“新泽西”号战列舰，率领第38特混舰队对菲律宾中部岛屿反复进行了空袭，以便对即将实施的摩罗泰岛和佩勒刘岛的登陆作战进行战略支援。这次空袭的战果相当可观：第38特混舰队击毁敌机约200架，击沉货船12艘和油船1艘；而美军仅仅损失舰载机8架和飞行人员10人。
哈尔西发现菲律宾的中部岛屿不过是“一个设防较差，防御能力较弱的空壳”，立即向尼米兹发出急电，建议取消夺取雅浦岛和帛琉群岛的作战计划，并把准备参加上述登陆作战的地面部队交给麦克阿瑟指挥，投入莱特岛的登陆作战。尼米兹同意不夺取雅浦岛，但主张进攻帛琉群岛的作战仍按原定计划进行，并把哈尔西的建议向魁北克的美英联合参谋部作了报告。因此，参谋长联席会议就此问题征求了麦克阿瑟的意见。麦克阿瑟表示同意尼米兹的上述主张。于是，美国参谋长联席会议决定取消雅浦岛、塔劳群岛和棉兰老岛的登陆作战计划，命令麦克阿瑟和尼米兹组成联合部队，提前两个月，于1944年10月20日在莱特岛实施登陆作战。
因此，尼米兹命令正同陆军第24军驶往雅浦岛途中的东部突击编队改变航向，开往马努斯岛；尔后，转属于麦克阿瑟的西南太平洋司令部。海上合成部队的指挥权，由一个战区指挥官转移到另一个战区指挥宫，这既显示了计划的灵活性，也说明了战区的指挥官具有优良的协同精神。西部突击编队虽然继续前去进攻帛琉群岛，但是已经接到通知，炮火支援舰群、护航航空母舰舰群、运输舰船及其警戒兵力，一埃完成帛琉群岛和乌利西群岛的作战任务后，立即转归麦克阿瑟指挥。
这样一来，美国第3舰队实质上就剩下策38特混舰队了兵力减少后的第3舰队，除第38特混舰队外，还辖有第30特混舰队的第8特混大队，即第3舰队的后勤供应舰大队。该大队编有油船、载运补充飞机的护航航空母舰、舰队拖船、弹药补给舰和警戒舰只(驱逐舰和护卫舰)等。它在指定的海域与第38特混舰队会合，进行海上加油和补给。，其它兵力已被调空。这些被调走的部队转属麦克阿瑟指挥，准备对莱特岛进行突击。与此同时，第38特混舰队的4个特混大队在海上积极行动，以支援摩罗泰岛和佩勒刘岛的登陆作战。