在战争的头几个月里，美国潜艇的主要活动区域是菲律宾周围的海域、日本以东的海域、四国和九州之间的丰后水道以及四国和本州之间的纪伊水道等海域。有几艘潜艇在从马尼拉经台湾至日本的航线上袭击了日本船只。英国和荷兰把有限的几艘潜艇配置在马六甲海峡附近，对航行在仰光和新加坡之间的日本舰船进行了袭击，取得很大战果，共击沉日本军舰16艘(约30000吨)，商船39艘(约110000吨)。
1942年4月以前，日本的运输船只都是单独航行的，尚未组织护航运输队。后来，由于船只的损失增大，便采取有限的护航措施，到1942年7月，才组建第一护航舰队，司令部设在台湾。其任务是为在东海或中国台湾与日本之间的船只担任护航，后来把护航范围扩大到靠近的南中国海、马尼拉、西贡和新加坡。日本护航运输队的编成较小，一般由6-10艘船只组成，仅派1艘老式驱逐舰或小型舰艇担任警戒，这同北大西洋的庞大护航运输队简直不能相比。日本轻视为运输队组织护航的理由与英国1916年下半年以及30年代的想法颇为相似。第一，日军低估了盟国潜艇部队对日本的潜在威胁；第二，日军把护航体制视为防御性的手段，而日本的海军和陆军都一味主张进攻，很不重视防御性的行动。
与日军相反，盟军认为，为运输队组织护航可为消灭敌人潜艇提供最好的战机，这是一种防御和进攻相辅相成的作战形式。既然日军认为护航任务是防御性的，这种护航行动就难以得到联合舰队司令部的支持。联合舰队不同意派舰队驱逐舰临时遂行护航任务。在联合舰队看来，遂行护航任务即使是临时性的，也是同海军舰艇的基本使命背道而驰的。因此，护航舰艇难以得到加强和补充。
日军虽然建立了护航组织，可是，最高统帅部依然念念不忘要尽可能保持单艘船只运输的灵活性，而不在大型运输队的周围设置一个强大的警戒舰艇幕。这种企图两面兼顾的作法却事与愿违，无论对保护运输船，还是对消灭潜艇都是无效的，潜艇能够轻易地避开单艘护航舰艇。如果日军有一支由5-6艘警戒舰艇和30-50艘运输船只组成的护航运输队，那么，就可以在既不降低运输能力，又不增加护航舰艇的情况下，更有效地保障运输队的安全。此外，由多艘军舰组成的强有力的护航舰艇群，与单艘护航舰只相比，肯定会对来袭的潜艇造成大得多的威胁。