这时，从南太平洋和西南太平洋等地集结起来的第6集团军的精锐部队正搭乘两栖作战编队的舰船向吕宋岛航进。在莱特湾，麦克阿瑟将军乘坐“博伊西”号轻巡洋舰已与指挥第7两栖作战编队部分兵力(策78特混舰队)的巴比将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第1军(第6师和第43师)。金凯德将军乘坐两栖作战编队旗舰“瓦沙奇”号，后来又与指挥第7两栖作战编队另一部分兵力的威尔金森将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第14军(第37师和第40师)。
此后，巴比率领所属部队沿着奥尔登多夫编队的航线驶往仁牙因湾。虽然经由圣贝纳迪诺海峡是条近路，但因日军在吕宋岛南部还有机场，所以不能走这条航线。1月7日凌晨，当巴比将军的编队经过民都洛海峡即将进入南中国海时，遭到日军飞机的袭击，“博伊西”号旗舰险些被击中。当天下午，1架“神风”特攻机突破密集的防灾炮火，撞到1艘坦克登陆舰上。次日晨，巴比编队刚一驶进吕宋岛海域，就遭到1架携带炸弹的战斗机的撞击，使“加达山湾”号护航航空母舰丧失了作战能力。尔后不久，另1架特攻机撞毁了1艘满载陆军部队的运输船。8日傍晚，威尔金森编队又遭受袭击，“基特昆湾”号护航航空母舰被特攻机撞中，受到重创。同一天，“澳大利亚”号重巡洋舰又先后两次在湾内被撞中。虽然奥尔登多夫令该舰不要再继续执行战斗任务，但它一直继续坚持战斗。
尽管遭到日机的拼死抗击，两栖作战编队仍按原定计划到达仁牙因湾。登陆输送队于1月9日日出时驶抵换乘海域几分钟后，飞来3架“神风”特攻机，其中1架撞断了一艘护卫舰的桅杆，另1架撞到已经受到重创的“哥伦比亚”号轻巡洋舰上。当天下午，“神风”特攻机对“密西西比”号战列舰进行了俯冲，死伤多人。而“澳大利亚”号更不走运，遭到了第5次撞击。
在此期间，登陆突击部队除受到登陆场北侧高地上的日军炮兵的抗击外，几乎未遇到其他抵抗就登上了岸滩。因为日军采用了新的抗登陆战术，仅在岸滩阵地配置有限的兵力迟滞登陆兵的行动，所以奥尔登多夫编队就不必使用大口径舰炮进行长时间的炮火准备。山下奉文已率领其大部分部队向北撤退，准备在山地进行抗击。到9日日落前，登陆部队已把登陆场向纵深扩大3英里。
夜间，当仁牙因湾内的舰船施放烟幕，企图避开日机的空袭时，约有70艘胶合板制造的日本摩托艇，携带着炸药冲向美军的水面舰只。这些摩托艇绝大部分被舰炮击退或击毁，仅有几艘把炸药送到美军舰船的舷侧后逃走。日军的这次水上特攻行动，使美军的1艘步兵登陆艇沉没，并使1艘运输船，1艘步兵登陆艇和4艘坦克登陆舰受伤。