朱元璋当了皇帝后，仍时常回忆起马皇后的贤德，将她比作唐代的长孙皇后，而这时马氏就趁机向朱元璋劝谏，要他善待大臣们。当朱元璋屡次提到要寻访马皇后的宗族亲戚进行封赏时，马氏就用前代外戚为祸而遭难之由婉拒。在她主理下，“后妃居宫中，不预一发之政，外戚循理谨度，无敢恃宠以病民，汉唐以来所不及。”这是非常难能可贵的。
朱元璋由一个处于社会最底层的人成为九五之尊，为保证子孙天下的稳定，十分残酷地打击株连功臣豪强，马皇后对此并不赞同，并保护了一些人。据《明史·高皇后传》记载，有一次有人上告说参军郭景祥的儿子要杀父亲，朱元璋就下令将这个不孝子杀掉，被马皇后劝止了。她说：“郭景祥只有这一个儿子，如果所说不实的话，杀了就会绝后。”后来一查果然是冤枉。还有，明初作过太子老师的大学者宋濂，告老还乡后，却因为孙子涉及胡惟庸案而被株连，被逮到京师要处死，也是在马氏的极力庇佑下才得以幸免于难。
明孝陵享殿
朱元璋立国之初，刑罚非常苛酷，经常会法外用刑。对此，马皇后又说：法律颁布了却经常变更就会造成弊病，会导致奸诈之人祸事丛生，既扰乱了老百姓的生活，又容易生出乱子。有一次，朱元璋下令将判了死刑的囚犯都押去修都城，以此赎死，马皇后知道后委婉地劝说：“以劳役来代替死刑是仁政，但是用这样重的劳役对待羸弱的囚犯，和死有什么分别？”后来朱元擦就罢免了死囚的劳役，直接将他们释放了。
对于马皇后的家庭生活，正史及较普遍的说法是马皇后生了五个儿子，她在教育子女上非常严格。据说最小的儿子朱橚少时放荡不羁，长大后被封在开封为周王，马皇后就派了江贵妃一同前往，赐给她自己穿的衣服一件、棍子一根，对她说：如果周王有过，就披上这件衣服打他，再不听就告诉自己。也因此，朱橚到了开封后不敢胡作非为。在日常的生活中，马皇后生活十分节俭，在当了皇后以后仍然保持过去的勤俭生活，亲自操持朱元璋的饮食，穿普通的衣服，吃普通的饭菜。
洪武十五年（公元1382年）八月，马皇后病死，时年五十一岁。据说她在病重的时候，为了怕连累医生。坚持不肯用药，并临终嘱咐朱元璋要求贤纳谏。《明太祖实录》、《明史·高皇后传》对马皇后的评价，都是“忧勤相济”、“备极艰难、赞成大业”。洪武三十一年（公元1398年），朱元璋去世后与马氏合葬在南京的孝陵。