此外，历史上还有其他一些不同说法。《广阳杂记》中说朱棣生母为蒙古甕氏，因原为元顺帝妃子，所以秘而不宣，宫中另有庙供奉着她的神位，代代祭祖。还有说成祖是达妃所生，或翁氏所生等等，但这些说法都影响不大。
永乐大钟
对成祖朱棣出身争论的焦点是成祖到底是嫡出还是庶出。朱棣非马皇后亲生而生母为妃的说法，经过明史专家李晋华、吴晗等人的精细考证，已为大多数学者所接受。成祖即位以后，禁止一切有关其夺位的史料，然而邻国朝鲜却有记载。洪武二十二年（公元1389年），朝鲜使臣权近一行曾在北平拜谒燕王，权氏著有《奉使录》记其事，其中有诗题云：到燕台驿，进见燕府。先诣典仪所。所官入启，以是日先太后忌日，不受礼。此处“先太后”当是从汉制之称诸侯王母，显然指燕王自己的生母。诗题中明言太后忌日在七月十五日，而高皇后马氏的忌日在八月初十，二者显然不合。由此可见，明成祖并非马皇后所生。可是明成祖为何一再强调自己是嫡出呢？这是因为在传统社会，皇位的继承非常讲究嫡长子继承制，只有嫡子继承皇位才是深孚人心的，否则会危及皇权的稳定。因此明成祖想为自己的继位寻求合法性。他的皇位本来就是从侄子手中夺过来的，如果自己又不是嫡出的身份，恐怕很难服众。这可能就是他为何一再强调自己是嫡出的重要原因。
到目前为止，明成祖的生母究竟是谁尚没有定论，不过通常认为碽妃的可能性较大。
暴君恶行明成祖屠杀宫女之谜
明成祖朱棣在历史上很有作为，但他又是一位性格固执、刚愎自用、猜忌多疑、杀人如麻的皇帝。永乐年间，他大肆屠杀宫女、宦官，在两次大屠杀中，有近三千名宫女被杀，为明朝后宫最大的惨案。如此滥杀宫女，许多人不明白明成祖此举目的何在。