但是深受祖父喜欢的朱高炽，却始终不得父亲朱棣的欢心。首要的一个原因就是朱棣和朱元璋一样，江山都是马上得来的，特别是朱棣上马能开弓，下马能治国，他非常尊崇唐太宗，因为自己和李世民一样都不是长子、又都是马上得天下，认为皇帝应该是那种能够君临天下，震慑万民的人。而朱高炽却太过老实仁厚，说得不好听就是有点懦弱，再加上他身体不好，既多病，又非常肥胖，走路很不方便，经常要两个人搀扶着走，这就让朱棣非常不想让他做自己的接班人。而与此同时，朱棣却非常喜欢老二朱高煦，因为他很像朱棣本人，是明初数一数二的猛将，在靖难之役中，朱高煦曾随朱棣兴兵南下，身先士卒带领军队做先锋，直逼南京，功劳赫赫，并几次冒死救护朱棣。朱棣曾对朱高煦说过：“世子多病，勉之！”公然向他暗示，想要将皇位传给他，但最终却未能如愿。因为正和朱高炽相反，朱高煦不讨朱元璋的喜欢，朱元璋活着的时候，就很讨厌他，等到朱棣即位以后，朱高煦要求兑现承诺，朱棣就征求众大臣、亲信的意见，结果多数赞同朱高炽，不赞成朱高煦。当时隆平侯张信是朱棣的救命恩人，朱棣叫他“恩张”，朱棣问他能不能换了太子，张信说这是天理人伦，能随便改吗？连朱棣最信任的大臣道衍和尚、兵部尚书金忠、杨士奇、杨荣、金幼孜等都不同意。大学士解缙还写了一首诗：虎为百兽尊，谁敢触其怒，唯有父子情，一步一回顾。朱棣只得放弃了改立太子的想法。这也是后来朱高炽继位后，发生“高煦之叛”，想学朱棣夺位事件的主要原因。
朱高炽最终能够继承皇位，一是因为皇位的嫡长子继承制对朱棣是个约束，百官大臣都支持这一制度，朱棣也无法改变；二是人们认为朱高炽娶了个好老婆，又生了个好儿子。朱棣很喜欢仁宗的长子朱瞻基，朱瞻基出生时，朱棣当时还是燕王，据说他梦见父亲朱元璋送给他一个白圭，并且说了一句：“传之子孙，永世其昌！”后来，他起兵靖难，夺得皇位，正好应了这个梦，所以，他最疼爱这个孙子。后来，大学士解缙说了一句：“好圣孙”，就打消了朱棣改立太子的念头，因为他一想，这皇位最终还是传给孙子的。朱棣生前，曾一再明确向臣民表明将来继承朱高炽皇位的，只能是长孙朱瞻基。而高炽的皇后张氏也据说有朱元璋的马皇后、朱棣的徐皇后之风，见识远大而乖巧伶俐，是个贤内助。据《明通鉴》记载，张氏嫁给仁宗后，很得成祖和徐皇后二人的喜爱。明仁宗为太子时，多次被汉王、赵王两位弟弟挑拨离间，又因为体型不好，不能骑马射箭，惹怒朱棣，就命人减少太子的饮食，几次想废太子，最终因为张皇后的缘故而作罢。《明宫词》里也说，朱高炽老婆张皇后是朱棣手下第一功臣张玉的女儿，张玉死于靖难，被追封河间王，朱棣对儿媳妇很好。有一次，朱棣和朱高炽夫妇一起吃饭，为了一点小事，朱棣大骂儿子，儿媳不好说什么，就退到厨房做了几样朱棣爱吃的菜肴端上来，朱棣一见，怒气全消，就指着儿媳对朱高炽说：如果不是你的老婆，我早就把你太子的位子给废了。当然这是传言，不足采为信史。
事实上，生长在复杂的皇室家庭，朱高炽本人也不像一般人们认为的毫无能力，从一些事件和经历上来看，他还是很有些本事和能力的。首先一点是他非常能够忍耐，可谓坚忍不拔。无论朱棣怎样讨厌他，他都能够甘心忍受。在永乐二年、永乐八年、永乐十年、永乐十五年，曾有过四次大规模的打击朱高炽太子地位的活动，但都没有成功。