所以，当王氏被招供出来之后，出于嫉妒端妃，王氏便将她也拖下水，硬说端妃是此事的同谋。而事件发生后，嘉靖皇帝本人一直处于昏迷之中，宫中的事务都由方皇后处理，于是方皇后就代替皇帝下令，将一贯与自己不和的端妃还有王氏等二十余人统统处以凌迟。据说在临刑的时候，端妃曾经大声呼喊冤枉，骂王氏诬陷自己，而王氏知道自己必死，因此冷冷地说：“当初你在皇帝面前凌辱我，今天你也得到了报应，我总算出了口气，让你也不得好死。”
事情过了一个月后，嘉靖皇帝才醒了过来。醒后他第一个要找的人就是端妃，谁知已经被方皇后处死了。起初，人死不能复生，嘉靖皇帝也就没有多想，以方皇后救驾有功，封其父亲为平安伯，并且从此后对方皇后非常敬重。可是，嘉靖皇帝终究念念不忘端妃的好，开始疑心起来，不相信端妃会害自己，因为她是皇帝最宠爱的妃子。一段时日后，嘉靖皇帝向身边的侍卫询问端妃受刑的情节，侍卫就把端妃临死前与王氏的对话说了出来，他才知道原来端妃是冤枉的，就更加怀念端妃，并痛恨方皇后，从此就很少接触皇后。再后来，皇帝又有了新宠，方皇后的处境就更加不堪了。
“壬寅宫变”五年之后的嘉靖二十六年（1547年）十一月的一天，皇后居住的坤宁宫突然失火，嘉靖皇帝眼看着大火越来越猛烈，却迟迟不命人去救火，并说宫殿烧了可以再重新建起来，结果方皇后被活活烧死。据近代史学家分析，正是嘉靖皇帝让人放的火，原因自然是要给端妃报仇，但因皇后没有明显过失，不能光明正大地废掉她，就只好出此下策来实现自己的目的。
后世史家们对“壬寅宫变”发生的主要原因，持有不同的意见。
对于王氏主谋加害皇帝的说法，就有人提出不同的看法。认为王氏没有理由指使宫女们杀死嘉靖帝，因为作为一个生有皇子的妃嫔，为了争宠而冒这么大的风险，是没有必要的，而十几位宫女为争宠而不顾生死谋害皇帝，这种可能性也不大。
于是有人提出，“壬寅宫变”的发生是由于嘉靖帝为炼制长生不老的丹药，酷虐宫女所致。因为嘉靖皇帝十分嗜好修道，自号“天池钓叟”，每日不是与后宫的美女鬼混，就是与道士混在一起炼丹求仙。当时，南阳有一个方士叫梁高辅，自称有养生的法术，道士陶仲文将他介绍给了嘉靖皇帝。梁高辅入宫后就教皇帝如何炼制春药，制作春药的方法十分残忍，据说要用七七四十九个童女初潮的经血精心炼制成丸，服后一夜可御十女。嘉靖皇帝大喜，立刻按照道士的话去炼制这种药丸，为此，曾先后从全国征选了一千多名八至十四岁的幼女进宫供其炼制春药。在“壬寅宫变”前的两年中，宫内炼丹之风达到了极点，为了采得足够的炼丹原料，皇帝强迫宫女们服食催经下血的药物，造成失血过多甚至血崩，许多人因此丧命。此外，为了防止泄漏炼药的秘密，甚至残忍地将取过血的宫女杀死灭口。所以后来有人推测，杨金英等宫女正是由于亲眼目睹宫女们饱经残害，自知这种灾难早晚会降临到自己头上，才决定拼死一搏的。还有人则认为此次宫变很有可能是一场政治斗争的结果，因为“大礼议”之争刚刚才以嘉靖帝的胜利宣告结束，就发生了“壬寅宫变”，因此，不排除这是政治斗争的失败者利用妃嫔意图除掉嘉靖帝。