明朝的末代皇帝崇祯帝朱由检共有七个儿子，其中四个死得较早，到明灭亡时，仅剩下周皇后所生的太子慈烺、定王慈灿（或作慈炯）和田妃所生永王慈炤（或作慈焕）。慈烺1629年生，是崇祯长子，于崇祯三年（公元1630年）被立为皇太子。《明史纪事本末》中称，李自成攻下北京城后，太子慈烺与定王慈炯、永王慈炤一起被起义军所掳获。后来吴三桂引清兵入关，李自成率军与吴三桂对战，当时曾挟持太子与二王一起前去。据说，当战局不利的时候，李自成挟太子一起登上高岗观战。后来，李自成不敌战败，就与吴三桂议和，吴三桂提出用归还太子与二王并离开北京城为条件，换取停战。李自成同意了，就将太子等人交给了吴三桂。这样说来，太子就落入了吴三桂的手中。据此，有人提出，太子已经遇害。这一说法在后来的其他史书中也得到了证实。《石匮书后集》中的《烈帝本纪》及《太子本纪》记载，在李自成战败后，太子趁机逃脱，被吴三桂部下捕获，但不知道他是太子，就命他负责打马草喂马两个月，之后太子又逃出，藏在老百姓家里，后投奔外舅周奎家，周奎担心私藏太子会惹来祸端，就将太子献给了清摄政王多尔衮，经过一番辨认，最终被害。这里所不同的是，太子并不是被李自成交给了吴三桂，而是在乱军之中被吴三桂军所获。同样，有关这一说法的细节叙述，各家也不太一致。据《国寿录·崇祯太子》中的记载，太子出逃后，先是被卖豆腐的老婆婆发现后收留下来，当知道他是太子时，就让他隐姓埋名住了三个月，因为贫困负担不起，之后送往周奎处，以下则相同。《甲申传信录》等书中也有比较类似的记述。这些说法都认为太子最终被清廷抓获，然后遇害。
说到太子后来被杀的过程，《石匮书后集》中的记载充满波折。据说，太子被送交清廷后，老百姓听说明朝太子还活着，就纷纷前去探望，多尔衮担心会引起明朝官民的反抗，就宣称太子未必是真的，同时安排人进行辨认，并事先做了些准备，所以，太子以前的老师谢升、周奎等人迫于压力，不敢承认是真太子，但有个叫钱凤览的官员却坚持说太子是真的。但无论是真是假，清廷都不会容许的，最终太子和钱凤览都被杀害。另外还有人提出，李自成攻下北京后，下令搜索太子，太监栗宗周将太子献出，李自成就把太子幽禁于刘宗敏家里。后来卫士私下将太子放出，来到南明小朝廷——南京，清兵攻入南京后，太子被人献出而遇害。
但是，对太子被杀一说，有人提出不同的看法，认为太子仍然活着，因为据《明季遗闻》描述，在李自成战败向西逃走的时候，有人看到李带着太子和二王一起走的。对《明季遗闻》的作者邹流绮，有人做了考证，发现他是清朝顺治时人，他在书的《自序》中提到此书完成于顺治十四年（公元1657年），那么他生活的年代距离明末的甲申之变仅仅十年左右，而且本书的写作又是在父辈记载的基础上完成的，因此认为邹流绮很有可能是甲申之变的目击者。这一提法也有一定的可靠性，因为在后来编修的《明史》中就采纳了邹的说法，认为当时交给吴三桂的太子是假的，真太子始终留在李自成营中。
如果太子确实未落入清廷手中，那么随李自成西行之后，太子的下落究竟如何呢？由于此后的历史记载中再也没有说明，所以，从吴三桂营中出逃的太子的去向就成了明末清初的一大议论热点。《明季太略·太子一案》中说，太子后来被人带到皇姑寺藏了起来，又和太监高起一起潜逃到天津，然后像传言中的建文帝一样，出海南下，不知所终。《野史无文》则记载太子曾逃往南京的南明小朝廷，清兵攻陷南京后，他被人献出后被带往北方，不知所终，有的说是被杀了。还有的说，明末清初兵荒马乱的，太子后来死于乱军之中。但这些说法均无证据证实。就像前面提到，单是崇祯太子遇害于清朝刑部的说法，就有很多版本，所以太子的下落始终是个谜团。