在厂卫的历史上，锦衣卫建立最早。锦衣卫本是皇帝贴身禁卫军。明初的军制比较简单，其基层单位是“卫”和“所”，每卫辖正规军士约5000人，其下设所，分为千户所和百户所，京城的禁卫军所辖卫所为48处。洪武十五年（公元1382年），朱元璋决定改革禁卫军，建立了十二个亲军卫，其中最重要的就是“锦衣卫”。
锦衣卫木印
锦衣卫的首领称为指挥使，通常由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任，其职能是“掌直驾侍卫、巡查缉捕”。负责执掌侍卫、展列仪仗和随同皇帝出巡的锦衣卫，基本上与传统的禁卫军没什么两样。例如锦衣卫中的“大汉将军”，明初约有1500人，明末则达5000余人，这些所谓的“将军”，其实主要的工作就是负责在殿中侍立，传递皇帝的命令，同时承担宫中的保卫工作，而这些都是传统禁卫军的基本职责。至于“巡查缉捕”，则是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处，也是它能为人们牢牢记住的原因。其实朱元璋建立锦衣卫的初衷也只是用来行仪仗和侍卫之职，然而生性猜忌多疑的朱元璋在向明初的开国功臣们举起屠刀后，越来越感觉司法机构如刑部、大理寺、都察院并非可靠，于是便将身边的锦衣卫的职能进行调整，原本只是负责宫廷保卫的锦衣卫便拥有了侦辑、刑讯的职能，变成超越正常司法体系的御用特务机构。
负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北镇抚司，南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”，缇骑的数量，最少时为千余人，最多时多达六万之众。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民人充，之后凭能力和资历逐级升迁。北镇抚司专理皇帝钦定的案件，拥有独立的监狱，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。锦衣卫这种独立于外的办案体系给自己蒙上了一层神秘的色彩，也使自己成为恐怖的象征。