明代火炮
不仅“倭寇”的基本队伍是中国沿海居民，“倭寇”的主要首领也大多数是中国人。嘉靖初期，福建人李光头、歙县人许栋占据宁波的岛屿，成为浙江沿海“倭寇”的首领；而陈思盻则以横港为据点，成为福建、广州“倭寇”的主要头目。嘉靖中期，许栋、李光头被朱纨消灭，陈思盻被王直所吞并，浙江沿海的倭寇势力以王直为最大，徐海次之。王直，绰号“老船主”，自称“净海王”，原是徽州海商，因贸易不通便以抢劫为生，流亡日本，盘踞五岛列岛为根据地，经营多年，成为最大的海盗首领。
为何在嘉靖年间会出现这场“倭患”？造成“倭患”的原因有哪些？十五世纪后期，日本进入一个新的群雄割据时代——战国时代，各地的封建藩候和寺院大地主为了提升自己的经济实力，解决因战争带来的财政困难，并满足自己的私欲，支持并且组织日本的一些浪人和商人，对中国东南沿海进行掠夺，这样渐渐地，倭患就猖獗起来。而明朝当时的土地兼并现象非常严重，贵族豪门不仅兼并平民的土地，甚至还兼并军卫屯田，造成了海防松弛，从而给倭寇的入侵有可乘之机。
此外，还有一个重要的原因，即明朝实行海禁政策，除了政府之间正常的朝贡外交之外，任何人都不准出海和外国人交易。而当时的中国已被纳入世界贸易体系之中，经过双边贸易，沿海的商人和百姓尝到了交易所带来的甜头，因而对明政府的海禁政策非常不满，一部分民众还与日本人勾结，占据沿海岛屿，或私下到中国沿海交易，走上武装反抗的道路。如经营海上贸易而“富至巨万”的月港商人洪迪珍，刚开始的时候只是进行走私贸易，但嘉靖三十八年（公元1559年），明政府派兵追捕他及其家人，最终将其“逼上梁山”，成为武装反抗明朝政府的“倭寇”重要首领。再如当时最大的海上贸易集团的头子王直，本来并不想造反，后因乞求解除海禁，遭到官府的拒绝而最终沦为“倭寇”。即使起事，他还是希望朝廷开放海禁，并且表示如果明朝政府能准许通商互市，他愿意“杀贼自效”。由此可见，嘉靖年间之所以倭患猖獗，其实跟明朝政府实行严厉的海禁政策，压制刚刚兴盛的私人海上贸易，迫害海商也不无关系。
明朝政府最终平定了这场倭患。朝廷中的一些官员意识到海禁过严是造成倭患的一个重要原因，因此只有开放海禁，才能彻底地解决倭寇问题。嘉靖以后，明朝政府采用了较为开放的政策，倭寇为患的问题逐渐得到解决。
铮铮傲骨东林党之谜