还有就是说毛文龙结交近侍，这倒是实情，这个近侍说出来想必大家都知道，他便是魏忠贤。毛文龙曾给魏忠贤送礼，还在皮岛上建魏忠贤塑像，这在与东林党关系密切、自己还曾遭魏忠贤陷害的袁崇焕看来，自然够得上一条罪状。但是，天启年间，全国的文武官员给魏忠贤送过礼的人恐怕是难以计数，而为魏忠贤立塑像也不是什么特别的事，当年全国各地为魏忠贤建的生祠何止千百。袁崇焕把这个拿出来当成诛杀毛文龙的理由，多少有些党派相争的意味，夹杂了个人感情。
再退一步讲，就算毛文龙有死罪，但十二条罪状中并没有什么需要袁崇焕临机决断，当场处死的紧急情况，完全可以将毛文龙逮捕后送交京城，由崇祯皇帝决定如何发落。毕竟毛文龙是一镇总兵，而且还有先帝所赐尚方宝剑。说起来，袁崇焕的尚方宝剑还是儿子辈的呢。从这一角度讲，袁崇焕诛杀毛文龙多少显得有些莽撞，也难怪崇祯皇帝会感到“意殊骇”。
那么，袁崇焕为什么会诛杀毛文龙呢？
有人认为，袁崇焕杀毛文龙只是一个偶发事件，袁崇焕本来并没有决定要杀毛文龙，他登岛的目的是想劝说毛文龙听从节制，或者让毛文龙交出兵权，只是在毛文龙拒绝合作后才决定临阵诛杀毛文龙。其根据是，袁崇焕上岛后并没有马上诛杀毛文龙，而是与毛文龙连续三天举行密谈，由于毛文龙并不听命，无奈之下才决定诛杀他。
也有学者指出，袁崇焕杀毛文龙其实早就有预谋，登岛的真正目的就是以商量东西夹击的军事计划为名，寻机诛杀毛文龙。理由是袁崇焕在离京之前与内阁大学士钱龙锡谈及平辽事宜时，明确表示平定辽东“先从东江做起”，而所谓的“从东江做起”，其实就是要诛杀毛文龙，这一点，在袁崇焕事后给祟祯皇帝的奏疏中有明确的表述：“自去年(祟祯元年)十二月，臣安排已定，(毛)文龙有死无生矣。”其欲杀毛文龙的态度表露无遗。这是一个让人感到奇怪的想法，平定辽东的首要任务，竟然不是打击后金，收复失地，而是要对付平辽战场上的另一位重要将领。带着这种想法，袁崇祯上任伊始就下令海禁，切断了毛文龙海上贸易的命脉，毛文龙在给崇祯皇帝的奏疏中，把袁崇焕的这一做法称为是“拦喉切我一刀”。虽然只是一介武夫，毛文龙还是意识到袁崇焕将要对自己下手，因此在奏疏中大发感叹：诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。对袁崇焕已生杀毛之心还蒙在鼓里的祟祯皇帝想到答应过袁崇焕为实现五年复辽大计可以便宜从事，自己不便出面干涉，只得好言安慰毛文龙：军中一切事宜，当从长商榷。崇祯皇帝没有想到的是，毛文龙已经没有机会从长商榷了。时隔不久，袁崇焕就已经完成了他五年复辽大计中的第一个计划——诛杀毛文龙。让人感到可悲的是，这似乎是袁崇焕五年复辽大计中惟一真正实现的计划。