关于王阳明在被贬谪后，赴贵州途中是否遭到刘瑾追杀一事，人们还存在一定的争论。一般的看法认为，王阳明去贵州的途中确实遭到了刘瑾的追杀，结果王阳明只能“投水避祸”，并且写下了两句遗诗：“百年臣子悲何极，夜夜江涛泣子胥”，最后独自遁入武夷山。但更多的学者认为这并非实情。事实上，关于他遭刘瑾遣人加害的说法虽然见于黄宗羲《明儒学案》：“谨遣人迹而加害，先生脱水投去”，但在他的《年谱》和《行状》中都没有这样的记载。而且当时被刘瑾列入“奸党”名单、榜示天下的有53人，其中包括前任大学士刘健、谢迁、尚书韩文、杨守随、林瀚、都御史张敷华，郎中李梦阳，阳明排在其后为第八人。对于“罪魁”刘、谢、韩、杨等人，刘瑾也并没有派人加害，毋论“协从”阳明。因此，所谓刘瑾追杀只是阳明个人的臆测。而且，还有一件事可以作为旁证，即阳明至龙场后曾经为自己准备好石棺，可见他当时仍然担心刘瑾的加害，因此，他在赴贵州途中的投水也就不难理解了。
王阳明故居瑞云楼
正德三年春天，王阳明来到了贵州。在贵州，他的思想有了新的飞跃。王阳明的学术，本来是秉承陆象山“心便是天理”的学说，和禅宗比较接近，讲究顿悟。在学术问题上，阳明多年来没有大的突破，总过不了顿悟这一关。到贵州以后，日子苦了，境遇差了，心里孤独了，忽然有一天便把问题想开了，求人不如求己，求诸外物不如求诸本心，一下子就明白了。这在历史上被称为“龙场悟道”，在他的思想形成过程中有很重要的地位。同时，在贵州期间，王阳明还根据当地风俗人情，劝诱百姓向善，办了许多好事，和当地少数民族相处非常融洽。
正德五年，刘瑾伏诛，王阳明也随之迎来了他事业的辉煌顶点，此后他多次率军镇压农民起义，平定宁王朱宸濠的叛乱，立下赫赫战功，从此平步青云，终为南京兵部尚书，成为了一代封建文人的楷模。
在他的后半生，平定宁王的叛乱是他最大的功绩，但也正是在这件事上最多遭到后人的诟病。根据《明武宗实录》的记载，在宁王朱宸濠叛乱之前，王阳明“在南赣，尤为濠所慕，馈遗相属于道。尝贻书陆完，谓可任江西巡抚者”。在朱宸濠生日时，王阳明也曾经前往贺寿。因此，后人曾经指责他有通逆的嫌疑。不过，最近有学者指出，这样的说法并没有充足的证据。事实上，当时受到宁王拉拢的还有很多人，其中包括刘瑾、大学士费宏、兵部尚书陆完、都御史李士实以及著名文人唐寅等，因此交往的密切并不一定意味着“通濠”。至于王阳明给宁王贺寿，也不能作为他通逆的证据。因为当时给宁王拜寿是江西现任及致仕官员对宗室表示尊重的一种方式，只是一种常规性的礼节，王阳明也不例外，只是由于性格的关系，他比较不注意避嫌罢了。
王阳明手迹
王阳明的惧内也是后世文人难以理解的一点。沈德符在《万历野获编》中曾经纳闷地说；“吾浙王文成之立功仗节，九死不回，而得严事夫人，唯诺恐后。”阳明为天下景仰的真男子、大丈夫，竟然惧内，确实令后人感到奇怪，以至于钱钟书先生在《围城》中也曾经借董斜川之口说王阳明怕老婆。最近有人指出，阳明的俱内确是事实，并有其难言之隐。