进入内阁以后，温体仁并没有就此满足，他的目光又落在内阁首辅的宝座上，而当时的首辅便是将他引入内阁的周延儒。为了扳倒周，温体仁开始培养自己的势力，他先是让自己的同乡闵洪学当了吏部尚书，又将御史高捷、侍郎唐世济、副都御史张永光等人收为心腹，再暗中支持太监王坤、给事中陈赞化弹劾周延儒，最终使周延儒免职回乡。崇祯六年（1633年），温体仁终于坐上了首辅的宝座，而且当了整整五年首辅，成为崇祯朝入阁时间最长、同时也是最受崇祯皇帝宠信的阁臣。
对于温体仁如何能长期获得崇祯皇帝的信任，一种观点认为，是因为温体仁善于揣摩崇祯皇帝的心意，逢迎有术。《玉堂荟记》即称，温体仁之所以能在位时间最久，关键是他“主于逢迎”。年轻的崇祯皇帝是一个虚荣心很强又十分刚愎自用的人，只对合乎自己想法的意见感兴趣，而不愿听不同意见。大学士刘鸿训只不过在崇祯皇帝即位之初说了一句“主上毕竟是冲主”，也就是说他年纪还轻，崇祯皇帝便深为衔恨，一心想将他置于死地，只是因为众大臣的力救，刘鸿训才保住了一条命，最终落得个充军边州的下场。既然崇祯皇帝喜欢大臣奉迎，便给了善于逢迎的温体仁以表现的机会。不过，逢迎也是要讲技巧的，不能让皇帝看出端倪，免得弄巧成拙，而温体仁正是个中高手。史载，有一次崇祯皇帝就军饷事宜向温体仁征询意见，温体仁很谦逊地回答：“我一直是以文章侍奉皇上，皇上不以为我愚笨，将我提升到内阁高位，其实我是愚笨无知的，只知道代皇上票拟谕旨时不能欺骗皇上，军饷之类的军国大事我全听皇上的圣明裁决。”崇祯皇帝听完以后，不仅不认为温体仁是有意虚伪，反而觉得温体仁为人“朴忠”，对他大加赞赏。
有人认为，温体仁能坐稳内阁首辅这么长时间，与他过人的办事能力是分不开的。平心而论，作为首辅，如果只有逢迎的本领，而不能为皇帝排忧解难，也是难以得到皇帝长期宠信的。温体仁的才干绝非庸庸碌碌之辈可比。《三垣笔记》称，温体仁精明干练，当时内阁代皇帝起草谕旨时，碰到刑名钱谷一类专业问题，因为头绪繁杂，其他内阁大学士都是一筹莫展，而温体仁只要看一眼便了然于胸，从无差错。温体仁所表现出来的有权有谋、足以统驭六部的才干想必崇祯皇帝是十分满意的。当然，温体仁的才干之所以在当时的内阁大学士中显得如此鹤立鸡群，也是他一手经营的结果，他专挑庸才进入内阁，目的之一是可以显示自己的才干，二则避免有人争夺首辅之位。当时京城流传着这样一首歌谣：“礼部重开天榜，状元探花榜眼，有些惶恐。内阁翻成妓院，乌龟王八蔑片，总是遭瘟。”歌谣中的“乌龟王八蔑片”指的便是当时的内阁大学士温体仁、王应熊、吴宗达。温体仁是乌程籍归安人，以乌、归与乌龟同音；王应熊是巴县人，取王、巴与王八同音；吴宗达身为阁臣，没有一点主见，因此被视为帮闲的蔑片。“总是遭瘟”则是表明温体仁在内阁一手遮天，王应熊、吴宗达都是温体仁的党羽。
也有人认为，温体仁当上首辅后，十分注意扶植亲信，党同伐异，用尽各种手段打击敢于与他抗衡的正直官员也是他能稳坐阁职的重要原因。事实上，在温体仁任阁职期间，文震孟的罢官、郑鄤的被诛，都是温体仁一手促成的。而且温体仁铲除异己时十分注意不露痕迹，造成与自己无关的假象。正因为如此，多疑的崇祯皇帝今天怀疑这个大臣是朋党，明天怀疑那个大臣是朋党，却始终相信温体仁无党。这也是温体仁能够长时期获得崇祯皇帝宠信的原因，而温体仁最终下台，也正是因为崇祯皇帝突然发现“体仁有党”。