而考古发现似乎也印证了奉天玉和尚与李自成的关系。从澧州发现的奉天玉和尚墓地中，不仅出土了奉天玉和尚的骨灰，更重要的是从中出土的符碑，与李自成老家陕西米脂县地方传统的随葬符碑内容十分相近，而这种符碑在石门当地其他墓葬中没有发现过。在夹山附近还出土了“永昌通宝”铜币、刻有“永昌元年”字样的竹制扇骨、铜制熏炉等。“永昌”是李自成在西安建立大顺政权时的年号。更引起人们注意的，是一个铸有隶书阳文“西安王”字样的铜制马铃。这和陕西米脂县出土的、上面铸有“自成王”字样的马铃，形制相同，字样一样，花纹相似。随这些文物出土的还有三块石碑：奉天玉弟子野拂立的“奉天玉”断碑、康熙十四年(公元1675年)杨彝子写的《重修夹山灵泉禅院功德碑记》和道光三十年(公元1850年)通州知州王大猷撰的《重修夹山灵泉寺碑志》，这都与何璘所述相印证，似乎在显示奉天玉和尚就是李自成。通过考证，有人认为野拂即是李自成的侄子李过。从奉天玉和尚的法号也可窥见一斑：他的法号是“奉天玉”，而李自成曾自称为“奉天倡义大元帅”，“奉天玉”可能隐含“奉天王”之意。有的学者还进一步分析，李自成这样做的目的是为了实现联合其他武装力量来抗清的夙愿。当时，对于李自成等人而言，与明王朝的矛盾已降为次要矛盾，而与清统治者的矛盾成为主要矛盾，因此要和其他力量进行联合，但李自成考虑到曾与其他力量之间有着种种恩怨，于是想出一个变通的方法，即由高氏和李过出面，来完成与何腾蛟的联合，共图抗清大业。
李自成陈列馆
但也有很多人持反对意见，认为奉天玉和尚根本不是李自成。他们从何璘的观点以及夹山文物着手，一一进行了分析。首先是他们认为后人对何璘的观点存在着种种误解。何璘当初是鉴于野史、正史对李自成死因记载不一，本着求实精神，故“周谘遗事”、“旁询故老”，搜集到“李自成实窜澧州”、“独窜石门夹山寺为僧，今其坟尚在”等传闻，这使他产生了兴趣，因此决定去实地考察。由于在观念上先入为主，他在夹山寺见到野拂所撰《奉天玉和尚碑》碑文有“和尚不知何氏子”句顿时产生疑问：“夫‘奉天’岂和尚所称?”并推测：“曰‘玉’，曰‘何氏子’，盖寓言之，亦讳言之也。”他将自己推测奉天玉和尚可能是李自成的想法“遍问寺僧，对不甚详”，这是当时寺僧不认可何璘这种推测的铁证。何璘根据李自成当初号称奉天倡义大元帅，认为“奉天玉和尚”大概是以“奉天王”自寓，大概“王”字加点以讳之，但他没有把握断定奉天玉和尚就是李自成。他还将《书李自成传后》编排在《澧州志林》艺文志中“辨”的部分，这意味着何璘并没有否定李自成九宫山遇害的说法。但后来众多的史书记载，将何璘这一本具有探讨性的提法，变成肯定性的观点，例如澧州、石门县、米脂县方志等文献均采用了这一观点，从而以讹传讹。
持反对意见者还根据夹山文物来驳斥奉天玉和尚就是李自成的观点。他们认为夹山出土的文物无疑为研究奉天玉和尚提供了珍贵的史料，但是并不能表明奉天玉和尚就是李自成。他们认为，指认奉天玉和尚为李自成的人在有意无意间歪曲了文物的史料价值，如他们为了证明奉天玉和尚是李自成，连康熙四十四年(公元1705年)《重兴夹山灵泉禅院功德碑》中“奉天老人”、“老人”、“奉老人”的称法都不放过，认为这极有可能是“奉天王”的隐讳词。而事实上将名高望重的老和尚称为“老人”极为平常，夹山寺康熙碑中“奉天老人”等称法，并不能与李自成联系起来，只是主张奉天玉和尚是李自成的人自己牵强附会罢了。