爆炸使老百姓死伤惨重，但这些还不足以震撼老百姓的心灵，这次爆炸事件中表现出来的许多诡异现象更让广大民众惶恐不安。例如在此次灾难中，出现了人群失踪现象。据记载，宣府杨总兵一行连人带马共七人没了踪影；承恩寺街上行走的女轿，事后只见轿具被打坏在街心，轿中女客以及八个轿夫都不知去向；西会馆的塾师和学生共三十六人，在爆炸之后，也全都没有了踪影。
除了失踪让人觉得诡异之外，奇怪的“脱衣现象”更让人百思不解。据当时的史料记载，这次事件中，不论男女，不论死活，也不管是在家还是在路上，很多人衣服鞋帽尽被刮去，全为裸体。如《天变邸抄》中记载道“所伤男妇俱赤体，寸丝不挂，不知何故”。《日下旧闻》中记有这样一件事：元宏街有一乘女轿经过，只听一声震响，轿顶被掀去，女客全身衣服都被刮走，赤身裸体坐在轿车中，竟没有伤及皮肉。他们的衣服哪里去了呢？据《国榷》记载，震后，有人发现那些衣服全挂在西山的树梢上，昌平县校场也是衣服成堆，此外还有器皿、首饰和银钱等。
另据一些史书记载，其实在爆炸发生之前，便出现了一些离奇的征兆。如《东林始末》记载，五月初二夜间，前门楼角出现有几百团飘忽不定的火焰，不一会儿，这些火焰合并成一车轮大的一团。另据《天变杂记》记载，后宰门有一火神庙在六日早晨传出奇怪的音乐声，一会儿声粗，一会儿声细。看门的刚要进去查看，忽然有个大火球一样的东西腾空而起，不一会，东城便发出震天爆炸声。这火焰和火球与大爆炸究竟有何关系？
对于王恭厂特大爆炸事件，三百多年来历史学家和科学家一直在研究和探讨，但一直没有定论。比较多的人认为，是当时位于爆炸中心的一座手工军火工场——王恭厂内火药爆炸所致，所以此次灾难又称“王恭厂奇灾”。但据爆炸专家估算，根据史料中记载的情况，奇灾相当于三万吨黑色火药爆炸的能量，然而王恭厂内贮存的火药最多不超过几百吨，根本形成不了如此大的冲击力。有人根据当时出现了“飓风一道，内有火光”，“西安门一带皆霏落铁渣，如麸如米者，移时方止”，以及呈方向性的冲击波、陨击坑等记载，认为此次灾难可能系陨星坠落造成的。但是爆炸后，在现场并没有发现任何陨石。地震学专家则认为，此次灾难是地震所致。还有人则提出是隐火山热核强爆，更有甚者认为是外星人入侵、UFO降临等。但任何一种观点，都没有足够的说服力。有专家则对十几种被认为有可能的爆炸原因进行分析，并结合灾变过程、破坏范围等史料记载，认为此次事件是自然灾害为主导，火药爆炸推波助澜。但究竟是什么天灾？是一种天灾还是几种天灾共同作用的结果？仍没有足够的论据来加以论证。
点石成金明朝入华传教士资金之谜
明朝中晚期，天主教耶稣会传教士梯山航海，泛海八万里来到中国，抱着“来此拯救不幸的灵魂，使之免遭永恒的天谴”的理想，开始了他们的“精神远征”。传教士们小心翼翼地踏进中华帝国的大门，很快便发现，迎接自己的除友善的笑容外，还有警惕的目光，传教士们似乎用之不尽的钱财引起了人们极大的猜疑，成为他们心中难解的谜。
明朝最早试图进入中国的天主教传教士是耶稣会士方济各·沙勿略(Francis