但这却并没有削弱人们对这一神秘天书的兴趣，上世纪九十年代，又兴起了释读“红崖天书”的第三次高潮，其间，更多的学者试图从文字学、历史学、社会学、文化学等多个角度进行研究，目前已有十几种说法。
最新的一种解说认为它是建文帝的“伐燕檄诏”，隐藏着一段历史谜案。研究者认为明初“靖难之役”后，建文帝在亲信随从的保护下，隐匿到了贵州的山谷之间。躲避数月后，他很想号召臣民支持他东山再起，推翻朱棣，但苦于自己身单力孤，加上朱棣的爪牙众多，难于应付，便想出了这么一个讨伐朱棣的檄文，让随从以金文的变体加上篆体、隶书、象形文字、草书以及图画的形义综合成一种“杂体”，然后用皇帝诏书的形式刻写于红崖之上。根据这一大胆的假想，研究者进而“破译”出“天书”的内容为：“燕反之心，迫朕(皇龙)逊国。叛逆残忍，金川门破。残酷杀害(段、殴、牢、杀子民)，致尸横、死亡、白骨累累，罄竹难书。使大明日月无光，变成囚杀地狱。须降伏燕魔做阶下囚(斩首消灭)。丙戌(年)甲天下之凤皇——允炆(御制)。”
对此，专家提出了不同的看法。他们指出，关于建文帝的下落现在仍是一桩谜案，历史学界长期流行着两种主要说法：一是建文帝在宫中自焚而死，一是建文帝流落海外。至于他是否逃到了贵州，仅靠“红崖天书”来断定是证据不足的，至多只能是一种个人猜测，在史学上价值不大。
红崖天书
还有人认为，“红崖天书”是产生于新石器时代，比殷代甲骨文更原始的图画会意文字，或称古图形文字。它有形可象，有意可会，其造字的原理和释读方法，与甲骨文一样。不过后者是前者图形的线条化，在表现方法上前者更原始，可说是古文字的雏形和活化石。通过辨别“天书”上每个图形所表现的物体，他们认为其应该是一则古时的“公告”。由此，还可以将中国有文字的历史从距今3200年的殷代甲骨文提前至新石器时代。
不过，更多的人并不认同于这一看法，他们提出了不同的意见。比如有人认为“红崖天书”运用了钟鼎文等篆隶书体，采取了添加、省减、移化、图释四种方法将字形肢解。还有人认为“天书”亦文亦画，不能单纯地理解成文字或者图画，他们指出：“红崖天书”“观其文，它是道圣旨，从右至左直排成一篇《伐燕诏檄》；察其图，自左向右看，它是一幅御驾亲征图。”
也有学者指出，“红崖天书”本身是一种古怪的文字，应该不属于汉字系统，可能与少数民族文字有关。云贵、广西古称“南蛮之地”，当地的文化、文字与汉民族不是一个系统，而且当地壁画较多，所以把“天书”和壁画联系起来似乎更加合情合理。在四川凉山、内蒙古的一些地方也有古代的壁画，壁画的内容是表现祭祀、描写当时人的生活及其与自然的斗争。还有的人认为，用“天书”来形容红崖上的符号不是很恰当，因为所谓的“天书”是神仙、超人力量创造出来的东西，有一种神授的感觉。