宋元时期是中国戏曲发展的一个重要阶段，由南戏发展到金院本，再发展到元杂剧，中国戏曲逐渐推进、衍变。元末发生的农民大起义推翻了蒙古贵族的封建统治，此时中国的戏剧也相应地发生了巨大变化，又形成“北剧”(元杂剧)没落，“南戏”复兴的现象。昆曲就是在这样的背景下兴起的。
讲起昆曲的起源，人们一般认为明朝嘉靖年间的魏良辅是昆曲的始祖。魏良辅，字尚泉、一字上泉，江西豫章(南昌)人，嘉靖(1522-1566年)、隆庆(1567-1572年)年间流寓太仓南关(明朝时为昆山所辖)。魏良辅原是北曲清唱家，到吴中后，致力于南曲改良。他认为当时的一些南曲唱腔“率平直无意致”(行腔简单，或节奏拖沓)，于是以原来的昆山腔为基础，参考海盐、余姚等腔的优点，并吸收了北曲中的一些唱法，并与善吹洞箫的张梅谷以及谢林泉、张小泉、周梦山、季敬坡、戴梅川、包郎郎诸人结成在艺术上有共同见解和理想的创作集体，对昆山腔作了很大的改革与发展。当时，河北的北曲弦索名家张野塘，以罪发配太仓卫，被魏良辅以善歌之女招为婿，他也协助魏“更定弦索音节，使与南音相近”。这种新腔的特点是清柔婉转，“调用水磨，拍捱冷板。声则平上去入之婉协，字则头腹尾音之毕匀……启口轻圆，收音纯细。”从此，昆曲成为集南北曲之大成的新声。
昆山昆曲博物馆
上世纪五十年代初，有人提出了不同的意见。因为有人在明人笔记《泾林续记》中发现了这样的记载：明初，朱元璋曾经邀请一些高寿的老人到南京赴宴，其中有一个名叫周寿谊的老人来自昆山，朱元璋当时就问他会不会唱昆山腔，并且称赞说昆山腔很好听。可见，当时已经有“很好听的昆山腔”了，传统的魏良辅创始昆曲的说法产生了动摇。
后来，人们发现了魏良辅所写的一部专著《南词引正》，其中有这么一段话，说“元朝有顾坚者，虽离昆山三十里居千墩，精于南辞……善发南曲之奥，故国初有昆山腔之称”。根据这一记载，元末顾坚等人把流行于昆山、太仓一带的民间土腔加以整理改进，创立了昆山腔。当时，虽然由于南北文化差异，传播手段有限，使其仅流传于苏州一带，但已经成为与海盐腔、余姚腔和弋阳腔并列的南戏四腔之一。而既然昆曲源于昆山腔，那么昆山腔的始祖顾坚应该被看作是昆曲的创始人。如果这一说法成立，那么昆曲的历史就可以被提早200多年。
但是，有学者对此提出了质疑。他们认为到目前为止，还没有确凿的资料可以证实元末昆山确实存在一个名叫顾坚的音乐家。《南词引正》说他与杨维祯、顾仲瑛等为友，但在顾、杨等人的诗文中却并没有发现过顾坚的名字。还有人认为，顾坚乃是明朝嘉靖朝的进士，并非元人，或者干脆认为顾坚只是一个名不见经传的民间艺人。另外，关于《南词引正》一书的真实性，也有人提出了疑问，认为它的真实作者并不是魏良辅，而是另有其人，而且其内容也非直陈史实，其目的在于抬高昆腔的地位，有利于改革工作。