九天玄女的信仰早在道教诞生之前就已经存在，关于她的来历也是有着不同的传说。“九天”意为四面八方和中间，九也有极限的意思，道教的九霄云外，九重天等都有相似的意义。
九天玄女的最初形象为人首鸟身的神灵，后来逐渐的将她人格化为美丽的女神形象。其实我们熟知的很多上古大神都是“半人半兽”的形象，如女娲传说是人首蛇身，这是原始人类把蛇作为一种图腾崇拜的神灵化；东王公在山海经的记载是鸟的头和人类的身体，并且长着一条老虎的尾巴；祝融是人类的脑袋野兽的身体，坐骑是两条龙……九天玄女的这种形象源自玄鸟，玄鸟也被认为是商朝的始祖，“天命玄鸟，降而生商”。
上古时期，轩辕黄帝与九黎族部落酋长蚩尤在涿鹿展开的一场旷世之战。蚩尤铜头铁额，神通广大，有呼风唤雨之术，以金属制造兵器，装备优良。由于蚩尤部落联合八十一个氏族组成了一个强大的联盟，这样致使黄帝一族处于下风。正在危难之际，忽然有一位天神下凡，授予黄帝兵信神符，黄帝命其宰相风后把天书演绎成兵法十三章、孤虚法十二章、奇门遁甲一千零八十局。最终蚩尤兵败如山倒，彻底被黄帝所打败。