有人以崇祯在袁崇焕杀毛文龙后的批示，来作为崇祯支持袁崇焕杀毛文龙的证据：
毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受。近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测。且通夷有迹，犄角无资，掣肘兼碍。卿能周虑猝图，声罪正法。事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照敕谕行，仍听相机行。
其实不然，因为他已经把辽东全盘托付给了袁崇焕，将在外君命有所不受。崇祯本身是很器重毛文龙的，就冲辽东只有毛文龙的尚方宝剑还没收回就可看出，但现在毛文龙已经死了，人死不能复生，如果以此追究袁崇焕，势必会影响袁崇焕五年复辽，只要袁崇焕能实现五年复辽，那么一切都可以由着袁崇焕来。当然，也正因此袁崇焕更是把自己逼上了绝路，只要他不能实现五年复辽，那么他的下场一定比毛文龙更惨，历史果然如此。
毛文龙的死讯传开后，据一直抱着丑化毛文龙态度的《李朝实录》记载：许监军者以经略差官来到椵岛（即皮岛），安顿军兵。岛中将卒闻其死，皆哭云
岛上的将卒听说毛文龙的死讯后，都哭了，朝鲜人自从丁卯之役要害毛文龙没成功，却被后金一顿痛揍后，就一直对毛文龙持丑化态度，因此他们不存在为了美化毛文龙而故意编造事实的问题。所以毛文龙死后岛上军民一起痛哭的事一定是真的。
可是岛上军民为什么要哭呢？是毛文龙生前给了他们什么物质上的好处吗？恰恰相反，他们在毛文龙手下一直是衣不蔽体，食不果腹，天天把脑袋别在裤腰带上。那究竟为什么毛文龙死后他们齐声痛哭呢？