皇太极在对毛文龙的作战中屡战屡败，只得遣使往东江议和。毛文龙将计就计，要皇太极派重要官员来谈判，以示对等，皇太极为表示对毛文龙的重视，派遣爱将固山额真（一个旗的一把手）可可及三个牛录额真往东江，毛文龙即将来人绑送京师。皇太极闻讯气急败坏，致书毛文龙大骂：以虚言诱致差人几名，有何好处？此后，毛文龙又多次以归顺后金为饵，甚至放出话来，尔取山海关，我取山东（这封诱敌信毛文龙同时奏报朝廷，但后来被袁崇焕搞到，由此彻底决定杀毛文龙），挑逗、诱骗皇太极派遣使臣，但皇太极都不再回信。
毛文龙的用间手段，使得后金方面寝食难安，手足相残，努尔哈赤、皇太极两代首领都曾被其玩弄于股掌之上，展现了非凡的才智与谋略。
《表忠录》记载，一次清军夜袭毛文龙，毛文龙在后金间谍众多，自然提前侦知，后金铁骑会从冰上来打毛文龙的皮岛，毛文龙于是把冰都凿漏，天气严寒，他算准冰被凿漏后不久就会被重新冻上，但无论如何都没有原先未被凿开之前冻的结实。等到八旗铁骑杀到冰面中央时，毛文龙令部下擂鼓，鼓声的共振作用使得刚冻上不久的冰面塌陷，敌军死伤惨重。事后后金军都在传这样一句话：无轻犯毛都督！
此外，据明末在华的西班牙传教士帕莱福《鞑靼征服中国史》中记载：毛文龙习葡文，并从葡人治军事学，亦闻公教忠君爱国之说，抗清诸将中，无如文龙勇毅者。
针对毛文龙的战功，汪汝淳《毛大将军海上情形》说：
全辽之失封疆几二千里，其间与奴为敌者仅沈奉两战余俱望风奔溃，未尝以一矢相加遗，以至于今。独将军自庚申（1620年）将二百余人，由三岔下海，遍历各岛，延揽同心，激奋忠勇，收双山，破镇江，孤悬绝岛者几三年，不得国家斗米尺布之济，仅以一片精忠收集辽民，依屯属国。屡以数百人于宽、镇、凤、叆间，效戚南塘设空营地炮之伏，以擒奴骑，大战小战，以力以智，不可数计。
来自敌人的肯定才是真正的肯定，你自己说你自己有多少战功是不算数的，而据女真人当时的《满文老档》记载，毛文龙的确是被《满文老档》提及次数最多的人，要比熊廷弼、孙承宗多，当然，更比袁崇焕多，其中提到毛文龙有近百次，提到袁崇焕只有十二次，如果刨去跟袁崇焕议和的信件，那就只有六次提到袁崇焕了。如此，到底谁在抵抗后金，不言自明了。
后金的诸位汉官给毛文龙写信说：