那是个党、国家和许多个人命运搅在一起的特殊年代，政治风暴和经济压力下，使得全国上下个个都处在斗争状态。余秋里以一个卓有远见的政治家和办实事的工业部长的魄力，为石油战线尽量不遭受因为政治斗争而使一批干实事的优秀领导干部们沦为人民的对立面，可以说费尽心思，力挽狂澜。对于那段往事，他有过自己的一段回忆：“在反右倾斗争中，我们保护了一些干部，为即将开始的石油大会战，准备了一批领导骨干。1960年初，我们将张文彬、焦力人等人从新疆局、玉门局调出，参加大庆石油会战的筹备和组织领导工作。徐今强也于1963年调回石油部担任副部长，1964年起他主持大庆油田工作。他们都为大庆油田会战和石油工业发展作出了重要贡献。”
时隔40余年的今天，当我请83岁的焦力人老部长谈起这件事时，焦老颇为感慨地对我说，对这事他一生感谢余秋里，他说如果不是余秋里当时全力保他，那他焦力人恐怕后来的命运就非常惨了。他说后来他因余秋里把他弄到北京后，玉门那边的“右派”名额就落到了另一位市委领导的头上。这位代他顶“右派”帽子的姓杨的市长，直到几十年后才获得平反，挂了几年酒泉地区副专员后终因积忧成疾，过早离开了人世。“如果不是余秋里部长当时救我，我的命运绝对好不了多少。”焦力人这位延安“鲁艺”毕业的老革命家、新中国石油工业的重要组织者和领导者如此说。
那个年代受难的还有许多人。共和国极其重要的一位开国元勋彭德怀的命运也许是最惨的。1959年7月初，正当余秋里与同事们热切地等待松基三号井的战果时，他被召到江西庐山开会。
那个风景如画的地方在这一年经历了中国共产党历史上一次流血的疼痛，对共和国的发展也带来了不可轻视的巨大伤害。余秋里亲历了全过程，虽然他在当时并非是那场政治斗争的中心人物，但他的两个最崇拜的统帅人物——毛泽东和彭德怀之间出现了水火不相容的矛盾与分裂，使他内心深深地受到震惊和感到痛楚。他崇拜毛泽东，一生按照毛泽东的指示和思想行动。纵观余秋里一生在军事和经济战线上所作出的那些卓越贡献和“特别能打开局面”的事情，我们可以无一例外地看到他余秋里熟练运用毛泽东思想做指导并进行创新式的工作内动因是什么，这就是对毛泽东思想的具体执行和实践的结果；他爱戴彭德怀，无论在战争年代他作为从贺龙的一兵一将后转为彭大将军手下的一名高级指挥官，他对彭德怀的军事艺术天才和正直为人的品质佩服又敬重，并一生视为榜样和楷模。但庐山会议上余秋里无奈地看着自己的这两位崇拜者之间出现的各不相让、各持己见又最后在完全不均衡的较量中草草结束了这场心底流血的“路线斗争”。
庐山会议对余秋里内心深处的影响是巨大的，而对他正在全力指挥石油战线打开新局面的战斗也带来不可低估的负面影响。
在参加庐山会议之前，松基三号井已经开钻两个多月。包世忠这位满身带伤的残疾少校钻井队队长也真不简单，在没有吊车、没有大型运输工具和没有一条像样的路可走的条件下，硬是把120多吨重机台设备搬到了地处黑龙江肇州县联合乡高台子村和小西屯之间的那片空地上。开钻的仪式也并不像余秋里、康世恩和何长工他们在决策井位时那么翻来覆去、几经周折那么复杂和劳神，基井综合研究队队长钟其权找来一根小方木杆，上面写了“松基三井”4个字，用榔头往地里一钉，对包世忠他们说：就在这儿钻！
包世忠是带兵的出身，他懂得鼓舞士气该怎么做。于是在4月11日开钻那天，让队里的几个年轻人给41米的钻塔披上鲜艳的红旗，还特意上镇上买了几挂鞭炮。全体队员列队站在钻台，他一声令下：开钻！