不久后，窝阔台在一次酒宴上突然口吐白沫，神秘病死。他称帝共十三年，死时五十五岁。当年侍奉大汗筵席的凑巧是拖雷妻子索鲁赫帖尼的妹妹亦八哈别吉及其子，因而窝阔合后妃及近臣都指控是亦八哈别吉母子在酒中下毒，害死了大汗。为避免更大纷争，窝阔台的奶兄弟额勒只带那颜强行将流言压了下去，力证亦八哈别吉母子没有下毒。
窝阔台死后，按照蒙古习俗，由其遗孀第二皇后乃马真暂时摄政，直到选出新任大汗为止。窝阔台生前最钟爱第三子曲出，然曲出却在攻宋战场上死去。窝阔台痛惜之余，便立曲出长子失烈门为皇位继承人。
乃马真野心勃勃，不欲孙子失烈门即位，而想要自己称制主政，有意召来中书令耶律楚材询问继承人之事。耶律楚材回答说：“这可不是外姓臣属可以知道的事情。关于新任大汗，有先帝留下的遗诏，请照此执行。”
乃马真不同意，遂自行在和林主持朝政。
由于蒙古王公贵族也不支持失烈门，而是瞩目窝阔台长子贵由，贵由却正在西征途中，尚未归来，由此给了乃马真可乘之机。她馈赠大量财物给各支宗王及文武大臣，令众人照旧任职，一切制度照旧，初步稳定了局面。
等站稳脚跟后，乃马真便在女奴法提玛的怂恿下，大肆铲除异己。
为了独掌朝政，还下令秘密逮捕杀害宰相镇海和财政大臣牙剌洼赤。二人先得到风声，逃到乃马真次子阔端处避难。乃马真多次派使者找儿子要人，均被阔端拒绝，还义正词严地答道：“既然他们来请求我的庇护，那么把他们交出去就远非忠恕之道。不久将要举行忽里勒台大会，我将把他们带到那里，如果证明他们确实有罪，他们将获得应有的惩罚。”镇海和牙剌洼赤这才逃过一劫，阔端也因此赢得了很高的声名。
重臣耶律楚材因无力阻止乃马真胡作非为，不久即忧愤成疾，不幸去世。还有人跑去乃马真那里告状说：“耶律楚材任宰相二十年，天下的贡赋有一半收入其家。”乃马真听说后，急忙派人去耶律楚材家中搜查，却只见到十几架琴瑟及数千卷古今书画、金石、遗文等。耶律楚材生前常说：“兴一利，不如除一害。生一事，不如省一事。”被蒙古人奉为至理名言。
由于汗位长期空悬，各支宗王都在窥视汗位，四处活动。成吉思汗幼弟斡惕赤斤是东翼宗王之首，干脆率大军迫近和林，预备用武力夺位。
幸好此时贵由率兵从远征途中返回，斡惕赤斤才自行退去。