談判找到了共同目標就好比較容易進行下去了，無論是孟解說的是真是假，何以居，商九轅已經不在意了，三天能發展到這種程度，繼續下去，基地的發展只會更加飛躍，完全不必擔心南部基地。
兩人都不是嗜殺之人，更何況大家都是地球的同胞，當然，該討要的東西也是要爭取的，誰叫對方之前聲勢浩大的進行抓捕呢。
在損失了一大批資源，外加一部分珍貴信息之後，雙方意見終於達成了一致，何以居方歸還俘虜，當然那些飛行器就不要想了。孟解方則放棄對商九轅的追捕，並且退回南部大陸，不過約定六個月之後一同嘗試潛入深海，尋找前任指揮官洛安州的下落。
孟解不可能全然對商九轅放下戒心，同樣的，商九轅，何以居也不會信任南部基地，不過雙方都需要一些時間，於是相安無事的結束了這次談判。
談判之後，又是一段忙碌期，而暗黑大陸的春季漸漸走遠，繁茂的夏季降臨，大地生機勃發，全然不知，自己生活在一個怎樣的世界。
1號基地和2號終究還是進行了一場大規模的遷移，當然，原址基地也沒有放棄，而是變成了如同3好基地一樣的分基地。
同時超級感染體漸漸出現在眾人的視線當中，這種可怕的生物有些兩個非常顯著的特點：一，體型巨大，二，感染性超強。不過像第一次碰到的那種有明顯思考能力的沒有，看來最初碰到的那只是融合了晶片，屬於特殊情況。
北部總基地建造好之後，旁邊不遠就是油田，能源也充足起來，PDK帶著自己的少爺來到了新址，並且在AI的幫助下對少爺進行了改造。這一次改造從開始到徹底結束持續了三個月的時間，三個月之後，少爺推著輪椅走了出來，輪椅坐著一個少年衝著他們笑。
那一天，基地眾人都有些小驚艷，似乎才發現，這個變異體原來還長得挺好看，渾身上下透露著貴氣，確實應該是個少爺了。
不過少爺不會說話，他也不需要進食，他仍舊討厭陽光，他的雙腿正在恢復……
這樣的變化漸漸消除了眾人對他的恐懼和猜忌。PDK說那個晶片能夠完善大腦結構，少爺的記憶被重新激活，並在逐步恢復。
PDK變得越來越愛笑，整個人都仿佛被激活了一般，生活似乎也有了目標。為了表達感謝，他將AI給的那兩個機器人進行了升級，外表雖然沒什麼變化，畢竟沒有仿生皮膚的材料，但已經開始有了智慧。PDK甚至表示，如果何以居想要機器人有皮膚，自己可以將死人的皮膚移植上去，何以居連連擺手，表示這樣就很好看了。
為了應對超級感染體，何以居也打造了庇護神像，當總基地成功擴張成一個小城池的時候，何以居開始有意識的組建小隊在外尋找超級感染體進行擊殺。