總基地眾人就只能這麼無力的看著自家指揮官一天比一天沉默，一天比一天站在基地門口的時間長。
商九轅失蹤之後，何以居的生活變得無比規律，似乎他曾經也這樣渡過了很長一段時間。只是他每天都會在基地門前等很久，希望能看到商九轅回來的身影。
第二年春天，總基地開始飛速發展，小型城池最終在這一年變成了大型城池，系統科技與安LAN科技的碰撞融合開闢了另一條全新的科技線。AI甚至都在PDK的幫助下有了身體，可以離開北部基地，並且也在逐步覺醒智慧。
在暗黑大陸這個特殊的環境之下，多種文明和科技的碰撞，讓暗黑大陸走出了一條截然不同的路。
超級感染體的數量越來越多，但何以居的科技已經開始向外輻射，除了定期清理變異體和超級感染體的小隊，從總基地流出的大量新型武器開始在暗黑大陸流通。
奇蹟商隊賺的盆滿缽滿，當然，何以居自己的商隊也發展的非常不錯。在這一年的秋季，何以居解鎖了指揮中心的天賦，並且成功建造了第一個指揮中心，拿回了自己的充當指揮中心的殼。
何以居再次成為了一隻有殼的蝸牛，摸著手上的空間戒指，低低嘆息了一聲。
這一年的冬季，總基地的居民有些炸鍋了，因為他們的第二個指揮官也失蹤了，當然，何以居離開之前留了信件，並且帶走了【科技發展基地】建造的深海潛艇。
眾人猜測他可能去了母河，只只是凜冬將至，他們不能離開去尋找，更何況他們還要再建造一艘潛水艇。
何以居雖然離開了基地，但新建造的指揮中心已經讓基地完全可以自由發展。這大概就是基地發展到最終的模樣，指揮官只是基地的引導者，並非領導者和掌控者，當有一天基地真的獨立生存在暗黑大陸，那大概就意味著，指揮官的任務結束了。
至於何以居，則頂著風雪來到了母河，母河的河水格外冰冷，何以居還是走了進去，等走到足夠深度便放出了潛水艇。在企鵝仔的幫助下設定航線，而目標就是巨型章魚化石所在的那個無底懸崖。
“仔仔，爸爸帶你去找另一個爸爸，然後罰他種一輩子白菜！”何以居摸著小企鵝的腦袋，小企鵝用翅膀抱住了何以居的手，回以安慰。
潛艇沿著海底裂縫，漸漸隱沒在黑暗之中，沿著巨大的章魚觸角化石，何以居完全不擔心迷路。再一次停留在巨大章魚化石的附近，感受著深海巨獸的龐大。這隻作為框架支撐的龐大生物，靜靜沉睡在深海懸崖的邊沿，一半在深淵，一半在海底。