1945年4 月，日本方面对潜艇的使用法渐趋正规，然而为时已晚。实际上，发挥日本潜艇良好的续航能力和隐蔽性，摒弃其脆弱性的最佳方案则是不应该将其用于攻击美舰或突进港湾，而应该令其到广阔的海域待机，伏击盟军的交通运输线，奇袭美舰船，然而，日本联合舰队司令部却反其道而行之，偏把潜艇用于前两者，而置后两者于不顾。
在“回天”作战时，把“回天”集中使用在与“神风特攻”展开攻击的同一个方向上，毫无价值地让敢死队的日本年轻人送掉了生命。因此，潜艇部队（属第六舰队）、水雷参谋鸟巢建之助中佐冒着被革职的危险奔走劝说，费尽了九牛二虎之力，才决定派两艘潜艇在海面上待机，以尝试一下伏击美军运输船的作战。“伊—47”号、“伊—36”号两艘潜艇各载“回天”6 艘从基地出击，时间分别是4 月20 日、4 月23日。
前者在冲绳——乌利西（美舰队基地）一线上待机，后者在冲绳——塞班一线上待机，以此来威胁美军的交通运输线，实施所谓的“攻其交”的作战方案。果然，在4 月27日拂晓，“伊—36”号潜艇发现了开往冲绳的由30艘船只组成的大型美运输船队，当接近到7000米时，潜艇发射了4 枚“回天”载人鱼雷（驾驶员分别是八木中尉、安部、松田、海老原军士）。约12分钟后，管昌舰长用潜望镜看到了目标处腾起了凶猛的火焰和高大的水柱，接着听到了4 声惊天动地的爆炸声，其爆炸后的波击力量将日本潜艇都摇晃起来了。
“伊—47号”潜艇于5 月1 日同样发现了美军大型运输船队，迅速向其发射了4 枚“回天”，其中3 枚中炸沉了“利伯蒂”型万吨运输船3 艘。第二天，5 月2 日，日潜艇又利用剩余的两枚“回天”，击沉了美驱逐舰1 艘，另1 艘美驱逐舰遭受重伤（前后6 枚“回天”的乘坐人员是柿崎、前田两位中尉，山口、古川、模田、新海4 位军士）。
面对“回天”取得的这一丰硕战果，日本大本营、联合舰队司令部都哑口无言。就这样，改变了以往使用潜艇的方法而采纳了第六舰队的主张。因此，日本舰队把自己的全部能够调动的兵力——说全部未免有点可怜——9 艘潜艇派遣到西太平洋，以便择机实施“回天”作战。在停战前的3 个月间，它们取得的战果是：击沉美油船或运输船15艘、巡洋舰2 艘、驱逐舰5 腹、水上飞母绷1 艘，不明舰种舰6 艘，合计共29艘，同时，重创两艘美舰。
如此看来，“回天”进行的攻击几乎是百发百中，它往往是以奇袭的方式发挥其拥有的全部破坏力，给美舰只以沉重的打击。尤其是击沉了美军曾载运过原子弹的重型巡洋舰“印第安纳波利斯”号一事。击沉美军这艘重型巡洋舰的日本潜艇是“伊—58”号，艇长是桥本以行中佐。这一事件发生在1945年7 月29日夜晚11 时27分，地点在菜特岛一关岛一线和帕劳一冲绳一线的交叉点上。其战斗状况是这样的：“伊—58”号潜艇的观察哨在航行途中发现在月光反射的海天线上有一浮动的舰影，于是该艇高速向舰影驶去。在接近到1500米时，日本潜艇以两秒钟为问隔连续发射了6 枚鱼雷，终于将该舰击沉。战后才知道，原来它就是曾运输过在广岛、长崎爆炸的原子弹的“印第安纳波利斯”号重型巡洋舰。
“印第安纳利斯”号被击沉确属一件“非常重大的事件”。从下述事实就足以证明这一点——战后，击沉“印第安纳波利斯”号的“伊—58”号潜艇长作为证人在华盛顿召开的秘密调查委员会上被传讯，并让其叙述了“伊—58”号潜艇的警戒情况以及攻击方法等。在一般情况下，1 艘重巡洋舰被击沉，是不会把舰长提交到军事法庭上进行查问的。
8 月15日，战争结束了，就在这一天，在太平洋上坚持最后一战的，只有以“回天”为武器的7 艘日本潜水艇。