由左宗棠统领的火器军团，在原先那一个军团的基础上，又增设了二个军团，总计是组建起了三个军团，司令官仍然是左宗棠，但不设副司令官，一应大事全都由左宗棠说了算。
三个火器军团的番号分别是，第十军团，第十一军团，第十二军团。
第十军团的军团长由李秀成担任，同样不设副军团长。。
这第十军团也就是原先左宗棠率领的那个火器军团的老底子，也是三个火器军团中综合实力最强的一个军团，而李秀成出任这第一军团的军团长也是最合适的，因为，他在出任大内总事务长及九门提督之前，原本就是火器营的主将，对火器那是非常之熟悉，而且，他为将多年，同样是战功卓著，如果让这样优秀的将领去做一个近侍，那不是暴殄天物嘛，黄旭与曾国藩可不愿意这样干。
而李秀成大内及九门的职务则由关唐接任，本来，关唐也想来军中，但黄旭不让，关唐也只好勉强接受了新的职务，不过，黄旭还是答应他，在合适的时候，他会允许关唐到军中效力，这样一来，关唐也就安心地做他的大内总事长及九门提督了。。
第十一军团军团长为李元度，副军团为胡四儿
第十二军团军团长为刘坤一。，副军团为江忠源。
以前的工兵营升格为工程兵特种师，师长官朱衣点，不设副长官。
后勤保障大队扩编为后勤保障军团，军团长余一龙，副军团长段一虎。
特种作战分队扩编为特种作战大队，总计为三千人，直接隶属于黄旭，由黄旭出任总统领，大队下辖三个分队，每个分队再设三个小队，分队长及小队长由黄旭再委派心腹将领担任。
关键的三个分队长分别由李世贤，韦俊，林凤祥担任。这三人也是太平军中的后起之秀，属于完全效忠于黄旭个人的那种将领。
情报处升为情报部，由姚大洪任部长，刘玉华任副部长。
另外，黄旭还特别组建了一支新的军种，名为海军，黄旭明白，如想征服列强，那免不了要漂洋过海，而要飘洋过海，那就少不了海军。先不说其它远一点的国家，就说这一衣带水的倭国，那如果没有海军，想要战胜他们，那是相当困难的，所以，黄旭开始花大力气组建海军。
而出乎很多人意料之外的是，他将这个组建海军的重要任务交给了他手下的两员文官，李鸿章与骆秉章。
很多人都觉得黄旭这样的任命是晕了头，但是，黄旭却清醒的很。
其实，黄旭以前也还真不知道这二人有这方面的才干，只是由于一次无意间的谈话改变了黄旭的看法。