中国军队在撤退的时候，已经烧掉了农民的房子和村庄，桌椅和农具等物品则被扔进村子的池塘里使之得到挽救。日本军队则在更大范围内将纵火行为延续了下去。他们不问青红皂白地枪杀庄稼地里的男女老幼，为此打出的口号是：“搜捕可恶的中国士兵。”许多水牛、骡马被打死在农田里或马路旁，任凭狗和乌鸦啃噬。农民们白天带着财物逃进山里，家里只留下老头老太，然而就连这些人的性命也受到了威胁。在一个小时的车程中，我连一个人都没有看见，就连较大一些的村庄也是空无一人。房子被烧光了，人被打死了，活着的人一见到汽车立即就逃得无影无踪。千佛山脚下形成了一座难民营，逃到里面的约有1万多人，全都是附近地区的农民。然而日本士兵在这里也没有丝毫收敛。他们任意拉出年轻小伙子枪毙，任意强奸少女。喝醉酒的士兵见到哪个人不顺眼就用刺刀捅死或捅伤，以此取乐，而这一地区恰恰又没有任何医治救护条件。寺庙里的佛像或被抢走或被破坏，就连和尚他们也不放过，也要加以虐待。水泥厂因为有两个外国人，一个是德国人京特博士，还有一个是丹麦人，所以日军的恐怖行径有所收敛。约有4000名难民带着所能带走的家产逃到那里安身。
根据中方报道，日本人从上海到南京，到芜湖，一路上以完全相同的方式对农村地区进行了大肆破坏和蹂躏。农民没有了农具，没有了种植水稻不可缺少的水牛，没有了每日农田劳作必不可少的安全感。这一切都没有了，农民怎么才能进行农田耕种，这是很难想象的。尤其是安全感，到目前都没有保障。如果情况没有根本性好转的话，那么很有可能会爆发饥荒。这种情形很容易让人联想到30年战争(译注：1618年一1648年在欧洲爆发的一场战争，战争造成的后果是饥荒和瘟疫)，当时的情况不仅在当今的20世纪发生了，而且是发生在亚洲民族之间，这简直让人无法想象。
1月1日，公开宣告成立南京临时自治机构。在音乐的伴奏下，在夸夸其谈的致辞的吹捧声中，昔日的五色旗在饱经世事历经沧桑的古老的鼓楼上升起。这个自治委员会几经周折才成立起来，但是今天它仍然是一个不能自主行动的摆设，中国人对它几乎没有什么信任感，日本人虽然答应提供各方面的支持，但实际上却拒绝给予支持。仅有的几个有修养的中国人态度不积极。红卍字会也只是为了使合作有一个起码的基础才表示愿意合作。由于日本军事当局反复无常无端猜疑，因此合作的成绩可以说是零。
就在五色旗升起的同时，俄国大使馆着火了。根据日本人的解释，这只是一个偶发事件，是一次事故。
因为城门关闭，所以从12月9日起南京城的自来水供应停止了。电厂的生产则一直坚持到了12月12日的深夜。尽管发电厂的两台机组没有受到任何损坏，但是日本人还是花费了很大的功夫才在1月2日使电厂临时恢复发电，水厂恢复供水是在1月3日。水电的正常供应到1月7日才真正恢复。由于局势普遍不安宁，再加上有43名电厂工人就因为是国营工厂的职工而遭枪杀，所以工人们都不敢报名，招募工人十分困难。
地下水源受到了严重的污染，好在水的供应对日本军队也是至关重要的，所以他们全力以赴，尽快恢复自来水正常供应。