杨方亨于万历二十五年（1597年）二月回京，呈上沈惟敬买自日本的方物作为贡礼，并献上假造丰臣秀吉的谢恩表一道。
大明礼部官员对照上次小西飞来京时的表文，在验证丰臣秀吉的谢表时，发现印章是假的；加之得到朝鲜情报，倭将加藤清正已经奉命赴朝鲜整治军队，无数战船往来对马与釜山一线运送军力粮草，知道丰臣秀吉受封一事有诈。经过严厉追问，杨方亨吐露真情，将过错全部推到沈惟敬身上，并交出石星手书，书中有“如事办妥，荐（沈惟敬）为督抚”的话，神宗大怒，立刻逮捕兵部尚书石星下狱，并下旨派锦衣卫赴朝鲜追捕沈惟敬。
就在沈惟敬想着怎样瞒哄朝廷交差的同时，丰臣秀吉在2月22日发布了全国总动员令，各军团自肥前名护屋第二次出阵朝鲜，日本史称“庆长之役”，朝鲜称之为丁酉再乱。
具体兵力如下：第一军团加藤清正10000人，第二军团小西行长14700人，第三军团黑田长政10000人，第四军团锅岛直茂12000人，第五军团岛津义弘10000人，第六军团加藤嘉明13200人，第七军团蜂须贺家政11100人，第八军团毛利秀元30000人，宇喜多秀家10000人，另外侵朝各据点原有兵力为：釜山浦城小早川秀秋10390人，安骨浦城立花宗茂5000人，加德城高桥直次1000人，竹岛城小早川秀包1000人，西生浦城浅野幸长3000人，共计141390人。
日军作战的第一阶段目标为占领全罗、忠清二道，沿海筑城，巩固阵地，相机与明军决战，再行北进。从这一部署和作战目的来看，丰臣秀吉对第二次侵朝战争无必胜信心，缺乏第一次侵朝战争（所谓“文禄之役”）时的雄心壮志，参战的各大名因“文禄之役”损失过大，又无从补偿，颇为厌战，这次侵朝以前次俘获王子而又未受到多大损失的加藤清正最为积极，而主和的小西长行则不甚积极，小西行长手下人多次向朝鲜透露欲入侵的情况。
在中朝方面，万历二十二年（1594年）七月以后，明军主力已撤离朝鲜回国。朝鲜为加强国防力量，聘请了明军教官训练朝鲜军队，同时朝鲜大臣柳成龙按戚继光的《纪效新书》，打算自行练兵。
但是朝鲜国王李昖满足现状，根本不理柳成龙要求拨款购买明军火器、增加军饷的要求，而是把精力、财力都用在了重修王京宫殿上，大臣们则再次陷入党争，继士林派分裂为东人党和西人党后，两党又各自分裂为南人派和北人派、老论派和少论派。各党派在政治内耗中斗得是“其乐无穷”，最后连包括李舜臣在内的很多优秀将领都稀里糊涂地成了党争牺牲品，不是下狱就是罢官。和议近3年，朝鲜就这样白白地虚度时光，坐待战火重燃。
册封破裂之后，万历帝朱诩钧和丰秀臣吉的感觉一样，都认为受到了嘲弄，大怒之下决定誓死保卫朝鲜。既然倭人不识好歹，那就开战好了，这回不光是为了友邦，更是为了捍卫大明国的威严。