万历帝朱翊钧不明真相，以为明军这一仗打得还算出色，于是又颁赐了好多金银给杨镐，并让兵部奖赏此役中所谓立功兵将。
就在这件事似乎要平息的时候，杨镐的父亲去世了。按照当时的规矩，凡是大臣家中父母去世，这位大臣就要暂时停职，回原籍守制，以符合“四书”中所说的父母三年之丧这一原则。
但是当时杨镐远在千里之外的朝鲜，万历帝也认为东征平倭离不开这位“帅才”，于是下诏“夺情视事”(由皇帝指令“夺情”，让有公务在身或地位重要的官员不必按常规停职守制)。
这一下可不得了，明代士大夫最重维护封建礼教，上来劲儿不顾性命的书呆子比比皆是。况且这个享受“夺情视事”尊荣的人还是个败军之将呢，于是立刻有人上书表示反对，认为皇帝的做法不妥，违反了伦理之道！
万历帝前一阵子因为“国本”之争时自己立场不明确 (注：国本之争，即太子继承人之争)，使得大臣们议论纷纷，双方关系很有些僵，所以对这次看似犯上的举动并不想立刻发作，打算着以理服人，给大伙留个好印象，所以耐心地解释，说明自己对杨镐夺情视事，是因为朝鲜战事正在进行之中，少不了这位有功之臣。
如果说当初有首辅和阁老重臣们维护杨镐，使得其他人对追究蔚山败战之事还有些顾忌的话，那么在涉及到有关封建礼教这种“大是大非”的问题上，就有很多人无法再忍受下去了，而要让皇帝收回成命，就必然地要牵扯到杨镐在朝鲜战争中的功过表现。
蔚山役后，杨镐谎报军情、竭力隐瞒战败的事实，最终还是被同僚揭发出来，万历帝一怒之下，革其职责令回家听勘，以天津巡抚万世德代之。
赞画主事丁应泰见弹劾奏效，又发扬连续作战精神，接连弹劾了麻贵、李如梅、高策等东征将领四五人，罪名是撤退过程中军纪不严、纵兵劫掠朝鲜平民的财物和子女。
朱翊钧是从小听着李成梁塞外杀敌的传奇故事长大的，内心深处对李家父子极有好感，甚至达到了一种迷信的程度，所以看到这份奏折很不以为然，只是命麻贵等人戴罪立功，至于李如梅，更是因祸得福，竟从御倭副总兵升至总兵，邢玠仍任总督之职。
当时的中国，是东方乃至世界上超级大国之一，哪能容忍日本这样的弹丸岛国向其挑衅呢，于是在圣旨宣读以后，神宗皇帝大发龙威，又下诏谕示兵部：倭人藐视天朝不遵教化，屡犯我上国蕃邦，实在是可恨至极，当严惩不贷。今后凡东征战事，要兵给兵，要钱给钱，不把倭贼赶下海去，誓不还休。