對於南京的防務孫中山的意思是從安徽調一支部隊過來。宋教仁提出了兩個問題：楊洪森手中是否還有機動兵力？從安徽抽調部隊加強南京一線的防禦是否會影響到安徽的戰局？
孫中山無法回答這個問題，能回答這個問題的只有楊洪森。
對國民黨楊淇森實在太了解了，南京如果丟了，估計他們就要全部轉移到日本辦公了。楊洪森命令駐紮在蕪湖的王天培部奉命開赴南京。同時向孫中山提出建議，其中包括：撤換江蘇都督程全德，改由柏文蔚接任；出兵浙江驅逐朱瑞；奪取上海及駐滬第二艦隊的控制權。
程全德是討袁態度不堅決，打掉程全德是為除去後顧之憂。浙江朱瑞雖表面嚴守中立，實則居心叵測，驅逐朱瑞可以增加一個穩固後方。奪取上海控制兵工廠革命黨就有了充足的彈藥供給，有了第二艦隊的支援，長江就成為北洋軍不可逾越的屏障。只可惜楊洪森的三點建議孫中山只採納了一點。
第十八章 陳其美在上海
上海製造局的重要性革命黨人都知道，北洋政府當然也知道，所以很早之前袁世凱就派心腹出任製造局的要職，並調且部隊進駐上海。
上海國民黨負責人陳其美在上海宣布獨立後，宋教仁任命陳為上海討袁軍總司令。由於上海革命黨人方面兵力不足，上海獨立後，陳其美沒有對據守在製造局的北洋軍臧致平團採取軍事行動，陳其美便寄希望於通過談判使臧團能自動退出製造局。
製造局負責人之一鄭汝成明確告訴陳其美，他們是奉袁大總統之令保護製造局的，所以他們不會退出製造局。如果陳其美想攻打製造局，那麼他們只有奮起反擊。
上海商界十分害怕戰爭。所以由上海商會、商團公會、教育會、救火聯合會聯合組織建立了上海保衛團，推李平書為團長。因為南北雙方談不攏，上海總商會致函南北兩軍說：
「本日宣傳北洋軍在製造局將有戰爭，商民恐慌，要求設法維持。頃間全體開會決議，上海系中國商場，既非戰地；製造局系民國公共之產，無南北爭持之必要。無論何方先啟釁端，是與人民為敵，人民即視為敵黨。」
這封公函貌似公平實則是警告革命黨人，如果進攻製造局，則視為“敵黨”。
孫中山雖然不願意在上海這個敏感的地方用兵，但是三軍所需彈藥補給沒有保障，南京根本無法長存，軍心必然渙散。之前陳其美請援時，考慮南京的兵力沒有派兵。王天培皖軍暫編第9師到達後，鎮江趙念伯部1個團，劉福彪福字營均被調回上海助戰。得到了援兵的陳其美膽氣為之一壯，對製造局發起了進攻，他才不在乎被上海總商會當成“敵黨”，等他打下了製造局，“敵黨”就是北洋軍，而不是他。陳其美對製造局進行了5次進攻戰役。