陳炯明遣鄧澤如向李福林求援，
李福林是碩果僅存的幾支民軍，他對陳炯明又懼又恨，此時見陳炯明地位動搖，便在一旁冷眼作壁上觀。
2師師長蘇慎初根本不贊同廣東獨立，當龍濟光攻占三水縣城，打開了通往廣州的門戶後。蘇慎初也撕下了偽裝，由沙河出發在牛王廟一帶布防，同時又以大炮數門，直指都督府，待一切布置就緒後，蘇慎初打電話給陳炯明要他取消獨立。
中午時分，燕塘炮兵奉蘇慎初命令，率先炮轟都督府，都督府衛隊奉命出防，半路上譁變，並派出代表，與燕塘軍聯絡一致倒陳。陳炯明手中無一兵一卒，無可奈何，只好挾資百萬和副官黃強一起，躲進廣州石室天主教堂，然後在法國神父的保護下，秘密出走香港。
蘇慎初被舉為臨時都督兼民政長，袁世凱即加蘇慎初陸軍上將銜。
張我權進至廣州後將蘇慎初驅走，自稱都督，並通電取消廣東獨立，隨後，龍濟光率部進駐廣州。
湖南、福建、廣州相繼取消獨立後，接下來的該輪到上海了。
上海討袁軍與北洋軍一直處於相峙之中，這種平衡隨著浙都朱瑞倒向袁世凱發生傾斜。北洋軍後續援軍到達上海後，朱瑞出兵上海協助北洋軍作戰，駐在龍華的淞軍被迫撤離龍華，向吳淞一帶撤退，此時的南軍已經成了強弩之末。
社會人民黨此時已經完全斷絕了對上海討袁軍的軍餉供應，因為精明的上海同志無法容忍“吃白食”的形象。
長期以來陳其美過於依靠楊洪森，當楊洪森撤資後，他頓時陷入到困境當中。
餉源無出，兵士愈慌，軍心動搖，就連陳其美最親密的戰友，當初把兄弟劉福彪也接受北洋軍扔過來的橄欖枝。
劉福彪部的叛變就如同多米諾骨牌，淞軍各部軍官紛紛逃走或者投入北洋軍。
時任革命軍吳淞要塞總司令鈕永建，請紅十字會出面協調和平解決武裝衝突，北洋軍為迅速結束上海戰事也願意和平解決，紅十字醫生柯司往返炮台與海軍，雙方遂達成協議，紅十字會接收炮台，鈕永建、居正等國民黨人率1000餘人經羅店退往嘉定，至太倉將部隊解散，上海討袁軍與北洋軍血戰近七十天後，起義以失敗告終。