孫中山一拳打在桌子上，“東渡日本，重聚力量，再舉革命！”
孫中山等國民黨人員化名乘坐日本商輪轉道台灣至日本。
宋教仁並沒有同孫中山一起離開南京前往日本，而是留在了南京主持正常的黨務工作，沒有孫中山在身邊，宋教仁可以完全按照他的想法布置南京的保衛戰。
馮國璋在前期作戰中很順利，搶占大勝關的部隊由大勝關、三叉河渡江攻占雨花台，接著對紫金山及天保城發動了進攻，駐紮在紫金山的蘇軍團長吳衛紅陣前倒戈，搶占紫金山後，馮國璋並沒有立即派兵攻打天保城，而是直接會攻南京城。
南渡的北洋軍在馮國璋的指揮與革命軍在神策門、太平門、朝陽門一帶激戰。南京城內的徐濤、李可鈞和衛戌團團長吳浩等人居內策應，擬定了獻城計劃。
南京城內吳浩指揮衛戌團偷襲都督府，對革命軍實施“斬首”行動，徐濤和李可鈞等部搶占各門迎接北洋軍光復南京。
“報告，衛戌團吳浩叛變了。”警衛連連長方浩然急匆匆地跑進作戰室。
宋教仁、柏文蔚、何海鳴等人吃驚之餘，個個憤怒異常。
吳浩命炮隊強攻都督府，警衛連無力抵擋，宋教仁、柏文蔚、何海鳴等人只好各自突圍，尋找友軍鎮壓平叛。
王天培這個南京衛戌司令，實際上能指揮的只有他的皖軍第9師和臨時組建的“義勇軍”。當城門、都督府一帶的發生激烈交火時，王天培第一判斷就是有人叛變了，急調第2團伍銀才部前往平叛。
攻戰了都督計的吳浩並沒有並未找到宋教仁、柏文蔚或者何海鳴三人中的其中任何一個。
分別突圍的何鳴海躲進了金陵醫院暫避了一夜，宋教仁、柏文蔚半路上遇到了蘇軍第8師第3團一部。
南京的這場夜戰打的亂七八糟，誰也不知道跟誰在打，皖軍第9師第2團伍銀才到達都督府一帶時遇到了第1師的部隊，也不知道誰先打了第一槍，結果雙方打了一個晚上，到次是凌晨雙方才搞清楚原來是一場誤會。
南京城雖然被吳浩等叛將一攪合搞的城內各部陣角大亂，但是外線部隊戰鬥自覺性很高，不待將校指揮，人自為戰。
因為沒有無線電台馮國璋並不清楚南京城內發生的情況，他只能按照原定的計劃起頭並進合圍南京。