相對易守難攻的“天保城”，野戰中北洋軍有更大的勝算，馮國璋把皖軍的戰術給COPY了過來，在前往南京的路上構築溝壘，層次阻擊，從山下衝下來的皖軍，當他們撕開一道道敵軍防線奔向南京城時，部隊是越打越小，傷員是越打越多。
面對數倍北洋軍的包圍，葉盛祥對北洋軍發起了最後一次衝擊。
當馮國璋聽到下山皖軍被圍殲的時候，眉宇間才稍顯舒展。
“天保城”此時守軍不到二個連，馮國璋把攻取“天保城”這個艱巨而光榮的任務交給了第3師，經過4小時的苦戰，馮國璋終於奪下了“天保城”，南京城中革命黨人的一舉一動全在他的視野之中。
對馮國璋來說，再加一把勁，勝利便可唾手可得，南京形勢頓時險惡起來。
大勝關北洋軍面對著皖軍的東西對進，困守死地的險境，在海軍的配合下，大勝關阻擊部隊主動撤出戰鬥。
這一舉動嚴重違背了馮國璋要求死守大勝關，直至最後一個人的命令。
“大帥，再拼就全拼光了，給咱們團留一點種子吧。”
馮玉璋看著駐守大勝關的二團官兵此時上到軍官，下到士兵個個身上帶傷，眼巴巴的看著馮玉璋，3200多人打的只剩下一個營了。馮玉璋轉過身揮了揮手，“都下去休息吧。”
“大帥。”
打通安徽與南京的交通線的皖軍繼續向著南京前進，柏文蔚護送宋教仁等人安全到達了蕪湖。
張四維第10師先頭部隊到達南京之時，正趕上南京城內最慘烈的巷戰。
9月12日，何海鳴和韓恢在新編第三軍司令部召開軍事會議，何海鳴主持決定以攻代守兵出四路，即1師王憲章部出雨花台，攻紫金山；新編5師錢通出朝陽門，1師與敵接仗時，出而合攻；8師出太平門，突出天保城；新編6師出儀鳳門，攻擊幕府山。是時1師遲遲沒有行動，5師至朝陽門，敵人炮火猛烈，不能出城。原定4路進攻計劃完全落空。
9月13日早晨，北洋軍對南京城發起總攻擊。
北洋軍利用地道將朝陽門城垣轟崩兩丈有餘，蜂擁而入。太平門被北軍用猛烈炮火擊穿，北軍沖入城內，分別占領了富貴山和駱駝山；通濟門、神策門也被北洋軍攻破，大批北洋軍湧入南京城內。
9月13日馮國章致電袁世凱已全線占領南京。