楊洪森在合肥會見的宋教仁，雙方共同致電孫中山，請他回國主持大局。
此時，國內的局勢已發生重大的變化，福建獨立並且加入了“討袁”，浙江宣布中立，革命鬥爭最黑暗的時期已經過去了。
獲悉國內來電，孫中山滿心歡喜，致電楊洪森的用詞比親兄弟還親。在日本的孫中山已做好了回國的一切準備。
孫中山還未動身，其回國的消息已經傳遍了大江南北。袁世凱擔心孫中山的回國可能會導致國內新一輪的“討袁”高潮。為了阻止孫中山回國，其派出了暗殺團前往日本。袁世凱同時請日本政府協助追捕政治犯孫中山。孫中山在日本朋友甚多，黑白兩道都有，連日本高層都有，不少日本人與他稱兄道弟。
針對北洋政府派出的“暗殺團”革命黨人組成了“刺客擊退團”，日本青年軍人也加入其中，北洋政府在日本暗殺行動已失敗告終，孫中山回國已成為無法阻止的事實。
對於國內的形勢孫中山始終抱著樂觀的態度，四川、陝西、安徽、江蘇、江西、湖北、河南革命黨仍在繼續“討袁”。在他樂觀的表面卻是內心苦悶，因為這個時候他應該在國內，而不是在千里之外的日本。他開始反思起革命以來所經歷的成功和失敗，認真總結經驗教訓。孫中山認為革命的失敗，並非袁氏兵力強大，根本原因在於國民黨人心渙散，不夠團結，不奉令行事。
就拿起義來說，起議後步驟凌亂，號令不能統一，事黨魁不予服從。正因為這種種的原因，他所領導的革命才遭至失敗，遂決定對國民党進行一次大手術，對此反對的聲音很多，使得改組計劃不能推行，憤怒的孫中山決定辭去國民黨理事一職返回國內，這招丫地實在是太狠了，包括黃興在內的高層人士不得向孫中山妥協。
孫中山認為社會人民黨的那套入黨審查制度不錯，預備黨員制度太有創意了，尤其是那套民主集中制度他很欣賞。總之，孫中山想把楊洪森在社會人民黨的那套較為成熟的東西給嫁接過來。可是黃興等人卻不能苟同，對於服從孫中山一人命令，搞專政表示異議，認為黨員入黨並非為某一領袖服務，而是效力於革命事業。孫、黃矛盾漸顯，有感於孫的強硬態度，黃興以治病為藉口走人，而孫中山則另立山頭。
對於孫中山在日本組建“中華革命黨”之事，楊洪森表現的積極主動，安惠民在上海致電孫中山，傳達了楊洪森急切期盼社會人民黨與中華革命黨兩黨合併事宜，希望孫先生回國後共同決斷此事。
孫中山此時還在為很多老同志不願加入“中華革命黨”之事表情耿耿於懷之時，聽聞楊洪森希望與新生的“中華革命黨”合併，精神為之一振。
“中華革命黨”的組建讓國內的國民黨一下分成兩派，其中宋教仁、譚人鳳、柏文蔚等人明確表示拒絕加入。
楊洪森為此與宋教仁進行了時長談，宋教仁同意對現在國民党進行二次改組，而楊洪森的意思是推倒了重蓋，至於黨派的名字可以繼續沿用“國民黨”。