南方的消息進一步刺激了袁世凱的病情，他已經預感到了自己的大陷已到，袁克定根本無法應對如今場面，不過他仍打著小算盤，準備抬出自己的好友徐世昌，讓他做過渡，但是徐世凱是何等人物，自然不會趟渾水，他只好回過頭請段祺瑞出山，段祺瑞等了這一天已經很久了。
在這年的寒冷冬季，袁世凱帶著那顆寒透的心，悄然離去。
與袁家大宅內的一片哭聲相比，北洋新政府班子卻熱火朝天地起爐了。
南北的局勢，任誰也看的清楚。現在南方勢力很強勁，這裡面的關鍵人物就是楊洪森。國民黨改組後，其出任南京政府陸軍部長，他是南方政權的實際掌握著，滇系、桂系都是他的爪牙。單從南北的兵力而言雙方相差無幾，從民心、士心方面來講南北相差甚遠。南方經濟發展迅猛而強勁，鋼鐵、治金、機械、造船、紡織等都是壓倒性的，軍工廠更是北方所不可比擬的，以上海製造局為例，楊洪森得到後，該廠的產量就不斷被刷新，現在上海製造局每月能產88式步槍4000槍。南北強弱對比已經發生變化，北洋政府通過單純軍事手段不但無法解決眼前的困難，而且會導致北洋的情況更加的糟糕。
“有必要與楊洪森談和。”
當然這只是段祺瑞個人想法，不過他很快將這一想法變為了實際的行動。
帝製取消後，取而代之的是共和體制，為了迎合南方，段祺瑞並不急於擔任那些近在眼前的總統，而且扶出了黎元洪，對於第二次出山黎元洪信心不足。而1915年12月12日孫中山在南京就職大總統，並組建了南京軍政府，他這個總統能不能當還要看孫中山的意思，即使他當選為總統，他還需要解決另一個問題段祺瑞，他可不甘心從袁世凱的傀儡變成段祺瑞的傀儡。
南京政府成立後首先要解決的問題是得到英、法、美、日等國的外交認可。不過在段祺瑞扶出黎元洪後，南京政府就變得極為尷尬了，這也是為什麼當初楊洪森反對籌建南京政府的原因，在那些西方國家眼中北洋才是正統。
南京政府中楊洪森控制著地方和軍隊，那些資深黨員則控制著政府，他們之間暗戰不斷，但是楊洪森自有辦法收拾他們。
孫中山也在思考著兩個問題：一、北伐是否還要繼續，畢竟袁世凱死了，帝製取消了。二、是否取消南京政府，現在各國均只承認北洋政府。政府內要求繼續北伐的聲音很高，楊洪森卻不支持北伐。政府內反對取消南京政府的議員很多，楊洪森卻力主取消以迎合西方各國。
不過有兩件事導致了北伐無法在繼續。
第一件發生在四川，唐繼堯為了控制四川抬出了蔡鍔，而蔡鍔的確很有作用，一下就把四川那些大大小小的軍閥們都鎮住了，可問題是蔡鍔的身體不太好。南京政府組閣後，楊洪森派專機將蔡鍔接到了南京，這是楊洪森對他的看重，期間他做了一些手腳，其在上海治療時被診斷出有嚴重的疾病可能會導致其死亡，洋大夫建議其到醫療條件更好的歐美治療，楊洪森自然將此事報知孫中山，孫中山親自了解了蔡鍔的病情，根據醫療小組建議準備至美國治療，軍政府還專門劃撥了一筆款子，楊洪森更是派人與美國支部同志聯絡。唐繼堯擔心南京政府打四川的注意，所以暗中指示四川地諸將挽留，這讓孫中山大為惱火，在他看來蔡鍔如果繼續留任，非死在都督任上。楊洪森幾句話就點明了其中了緣由，孫中山輕嘆一聲，以南京軍政府名義，讓唐繼堯兼任四川都督，北洋政府也做出同樣的任命。唐繼堯沒有蔡鍔那種威信，四川諸將都不吊他，他不得訴諸於武力，這使得第一方面軍徹底無法參與北伐活動。