孫中山也開始建國後第一次全國性工作視察，楊洪森作為二號人物留守南京主持黨、政、軍事務。
國防軍的建設是楊洪森最重視，陸軍部的蔡鍔按原計劃已經整編了三十個德械陸軍師，美國顧問題一直都希望中國軍隊使用美國軍械，為此他們派出技術人員幫助中國兵工廠改造軍工設施，但是隨著德國技術的引入，中國軍工廠生產出來的步槍、機關槍甚至火炮都不比德國原產的差，美國人努力的結果只是讓這些軍工廠的產量變大。
按照蔡鍔的整編方案已經初步整編60個師，其中最精銳地28個近衛軍師已經調整完畢，中國的重型火力都集中這些部隊裡面，楊洪森對近衛軍部隊的過於偏愛，讓陸軍部的一些將領突生不滿，但是在戰績的面前他們也不好說什麼。
按照楊洪森的話來說，“誰最能打我就優先補充那個師。”
北方省的國防軍建設遇到的最大困難就是馮玉祥，就連東北的張作霖也屈服於中央。
張作霖與馮玉祥不同，東北的武裝力量很多，中央軍有20餘萬，還有原皖、直系的部隊，再加民兵武裝，北韓人民解放軍，再加上張作霖自己的人馬，東北有70萬大軍。
吳佩孚倒入中央後，原皖、直兩系全部中央化，再加上龐大的人民武裝力量真的不是他張作霖可以對付的。隨著俄國內亂，中央軍藉口保障遠東鐵路線進入黑龍江，在與俄軍發生小規模軍事衝突後，他們增派兵力，雖然衝突最後通過外交手段和平解決，但中央軍卻沒有離開黑龍江。
新一年到來時中央搞行政改革，大批的親中央的蒙古王宮來到了北京。中央對蒙古分中央直轄的外蒙古邊疆省和內蒙古自治省，
原熱河、蔡哈爾、綏遠三省被撤銷，黑龍江地區的市、縣也進行了相應的調整。內蒙古自治省的建立把直、皖兩系最後地盤給抹掉了。皖系中的部分將領採取了軍事抵制的措施，國府出手時一點也不手軟，經革命軍事委員會批准以反革命罪處決的人數就有近8000人，很多皖系將領受到牽連。就連皖系大首領段祺瑞也不得不到南京走了一趟。
無力與中央對抗的張作霖只好向中央輸誠，將他的命根子，東北軍的軍政大權全數交了出來。雖然張作霜對東北軍仍有一定的影響，但是他要想再重新控制這支部隊已經是不能了。
馮玉祥擁有著直隸、京、津，山東名義上也在他的控制之下，在中央的行政改革中直隸更名為河北省，熱河、蔡哈爾的部分縣將劃入河北。
國家政令統一，馮玉祥不可能獨立存在，雖然他一直想將這一現狀維持下去。可是，就連一直稱讚他孫中山也無法允許一個獨立於中央系統的軍閥存在，即使他傾向革命，忠於中央。馮玉祥想保留西北軍的番號，但是致力於國防軍的建設的蔡鍔在近衛軍的問題做出了妥協，並不代表他在西北軍的問題上也同樣會做出妥協。