就在这时，盘古接到了幻神界尊的懿旨——教化并保护被封印化身为人并且失忆的龙古;另一方面，三位影主神却接到了另一份懿旨——不惜一切代价杀死龙古。
这混乱的神界又开始了新的混乱大战，最终的结果是龙古在成长到解除封印状态之际，先后击败了三位影主神，并且击杀了秉承万物意识，对低俗的人类想要第三次毁灭性打击的大蛇。
但是龙古击杀大蛇的举动，又遭到了盘古的报复，盘古不再计较幻神界尊的命令与龙古展开了大战。
这场大战的结果草草收尾了，因为四方守护圣兽的原因，只知道她们用了四荒守望阵将龙古封印回第一界层，并且封印了神界与外界沟通的通道。大蛇被玄武复活，分化出八股不好的‘恶’的意念，成为独一无二的罗莉!盘古后来则晋升为混沌主神。
在这之后，一种传承龙古血脉的新兴人类出现在出现在大陆之上，由于他们位居中土，他们自称为‘中土的恒人类’，而被外界的众神称为‘永恒的龙人类’用以纪念不朽的龙古。第三纪元的文明便主要以他们这单一种族为主。
第四纪元(混沌的罪人类)：
永恒的龙人类终究是触摸到某个极限，在突破极限过后，与第二纪元的五大种族一同消失了，只在这个混乱的星球上留下了稀薄的血脉。
这个时期，大蛇在上个纪元中分化出的‘恶’意念成长起来，成为了八集结的存在，八集结各自衍生出自己的类人种族，成为了新世界的八股黑暗力量。与此同时，大蛇罗莉自己以盖亚的名义，创下了大地母神的希腊神话体系，并且指明一个人类为天神,同时成为她的孩子与宠妃的存在，这个人的名字叫乌拉诺斯。
天神乌拉诺斯在外有染，带回了一个名为克洛诺斯的孩子。大蛇也不拒绝，反而为了培养这个孩子，打开了时空的禁地，将他送入第二纪元的文明都市，‘海底神都亚特兰蒂斯海洋神祗科研院’去深造。
克洛诺斯深造过后，与大蛇的义女，诺娅结为夫妇。与克洛诺斯一样，诺样也被大蛇送去深造过，只是她去的却不是海底，而是‘天空圣殿巴比伦高阁天空大教堂’。
这对夫妇一个研究的是生化文明，另一个则研究天空文明，成为了海洋之星上响当当的人物，后来，诺娅制造了神话级宇宙战舰——‘奥林匹斯山’，与克洛诺斯一同出游。
同一时期，第二界层中核心地带，也发生了一件震惊整个第二界层的事情。比主神血脉更强的种族——幻神界尊长子冥域大主神冥亡亲手建立的冥族——的冥三长老拐走了大地主神的爱女梅里亚——也是天空主神的爱子艾斯的未婚妻。