农业的发展，金属工具的应用，极大地推动了社会生产的分工，因而在出现劳动剩余的同时，也出现了社会的分化以及阶级的形成。从弥生时期的遗址发掘来看，墓地多以男性为中心，而且随葬品也多少不等。另一方面，定居的农业社会在产生统治者与被统治者的同时，为争夺更好的生活资源，村落之间经常进行战争，结果推动了部落联盟基础上的地域国家的形成。
大约在公元前后，在北九州和畿内等先进地区开始出现地域小国家群，这些小国为增强自己的实力以及统治的权威性，有意识地与强大的大陆政权交往。据中国史书《汉书·地理志》记载，“夫乐浪海中有倭人，分为百余国，以岁时来献见。”《后汉书·东夷传》也记载道：公元57年“倭奴国奉贡朝贺，使人自称大夫，倭国之极南界也。光武赐以印绶”。半个世纪后，“安帝永初元年，倭国王帅升等献生口百六十人愿请见”。在北九州地区的弥生中期遗址中曾发掘许多青铜镜、货币等汉朝物品，由此可见双方之间频繁的交往。这种交往无疑加强了当时处在较高发展水平的大陆文化对日本列岛的影响。
第二节 早期国家的形成
一、 邪马台国
日本正式有文字记载的历史是在八世纪初撰写成书的《古事记》和《日本书纪》，但其中搀杂了不少神话故事和民间传说，因而在其之前的历史需要参考东亚其他国家的古籍，其中最有文献价值的是《三国志·魏志·倭人传》。根据该史料的记载，公元二世纪末日本列岛上本以男性为国王的倭国发生动乱，小国之间相互攻击，一年后共同推举邪马台国的女王卑弥呼为王。女王“事鬼道，能惑众”，独身，深入简出，由其弟辅助治理国政。卑弥呼死后又立一男王，结果再次引起动乱，公元248年，与卑弥呼有血缘关系的13岁少女壹与成为国王后局势才稳定下来。30多个小国组成以邪马台国为中心的联合王国，其政治机构尚未成熟。最高统治者是女王，其下有大率、大倭、大夫等高级官员。大率是中央派到各小属国的检察官，大倭是全国管理集市的官吏，大夫是主持外交事务的官员。地方官员等级有多有少，有些属国还保留国王。邪马台国有一支维护统治秩序和对外战争的军队，并有不成文的法律和刑罚，“有犯法，轻者没其妻子，重者灭其门户及家族”。由此可见，该国为带有母系氏族、政教合一等原始社会残余的早期国家。