桓武天皇的曾孙高望王赐姓平氏，并派往关东地区担任官职。高望王任期届满后未回京都，其八个儿子分别担任关东地区各国的官职，势力不断扩大，各养私兵，家族内部也经常发生冲突。935年，孙辈的平将门杀其叔父国香，并联合反抗国司的地方贵族藤原玄明在939年发动叛乱。平将门攻城掠地，占领关东大部分地区，并自称“新皇”。京都朝廷任命藤原忠文为征东大将军，率兵前往镇压，但尚未到达其地，平将门已经被国香之子平贞盛所灭；几乎与此同时，伊予国司藤原纯友在四国发动叛乱，甚至攻占了北九州的大宰府。朝廷再次任命藤原忠文为征西大将军，率兵前往镇压，亦是尚未到达之际，清和天皇之孙源经基已将藤原纯友打败。被称为“承平·天庆之乱”的两次叛乱使朝廷和中央贵族认识到地方武士的实力，纷纷将其作为保护自己的“侍”。例如源经基的儿子源满仲以摄津为根据地，向摄关家提供警卫服务，满仲的两个儿子——赖光、赖信在摄关家族的关照下，政治地位迅速上升。
平将门叛乱之后，平氏一族仍然占据关东地区，而且原上总国司平忠常在1028年发动叛乱，朝廷任命源赖信为甲裴国司，同时征讨平忠常。后者因源赖信武名不战而降，源氏家族由此开始进入关东。1051年，陆奥地区势力强大的贵族安倍氏与国司发生纠纷，赖信之子赖义、之孙义家率关东地区武士经过九年苦战，才将安倍氏镇压下去。1083年，陆奥地区大贵族清原氏发生族内纠纷，源义家经过三年苦战将其平息。被称为“前九年之战”及“后三年之战”的两次战事，加强了源氏家族与关东武士团的主从关系，巩固了源氏家族作为最大武士团首领的地位。因此，关东地区的庄园领主纷纷求其保护，并成为源氏的家人。源氏武士集团在11世纪末期成为支配日本全国的武装力量，源氏家族首领也以“天下第一武勇之士”出入朝廷。在此背景下，地方各国的行政事务官员逐渐由武士担任，武家社会的色彩已初见端倪。
二、院政政治
年，与藤原家族没有血缘关系的后三条天皇即位，人到壮年且具个性的天皇任命有学识者担任重要官职，同时进行巩固天皇政权的改革。首先针对庄园迅速发展威胁朝廷直辖领地的局面，天皇在1069年颁布内容严厉的“延久庄园整理令”，并成立“记录庄园券契所”，任命亲信担任其官员，对庄园文书进行严格的审查。除庄园主提交有关证书外，国司也要提交相关的报告书。如果有关的证书不全，将没收其庄园，甚至摄关家的庄园也如此办理。此次整理庄园取得较好的实效，例如在石清水八幡宫寺所有的34所庄园中，有13所因证书不全而被没收为公领。这样一来，不仅加强了朝廷的经济基础，而且使许多寄进在藤原名下的庄园与其脱离关系，纷纷投靠皇室，结果使天皇拥有的庄园迅速增加。