镰仓幕府通过任命守护或地头的方式建立了覆盖全国的统治机构，形成了与京都朝廷并立的双重政权结构，天皇朝廷的权力也因此受到严重削弱。尽管朝廷对其进行了抵抗，最初地头的设置也仅限于平氏家族或与平氏家族关系密切者被没收的领地，但随着幕府的权力越来越大，地头遂遍及全国所有土地，与守护一道成为幕府统治的重要支柱。虽然镰仓幕府具有压倒性的军事力量，但其统治的合法性仍需借助天皇的精神权威，例如将军职位的继承须得到天皇的任命，即使在统治体制方面亦没有完全取代律令体制，因而京都政权得以保存下来。当然，在此后的几个世纪中，双方围绕国家权力的掌管时常发生冲突。
镰仓幕府的经济基础以将军所有的封地和直辖领地为中心，即“关东知行国”和“关东御领”。“关东知行国”也称为“关东御分国”，为将军的封地，最多时达到九个，即为伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总、丰后。在这些封地上，将军可推荐知行国的长官国司，并获得该国的部分收入；“关东御领”是以源赖朝为本家或领家的庄园和公领，以及被没收的平氏家族领地，共有500所。“关东御领”由幕府政所统一管理及征收租税，是幕府的主要财政来源。
二、承久之乱
年镰仓幕府的创始人源赖朝去世，年仅18岁的其子赖家继任将军。赖家精于弓箭马术，但缺乏其父的政治才能及权威，独断专行，重用其岳父，排挤幕府元老，引起许多御家人的不满。在源赖朝之妻北条政子的主持下，首先剥夺了赖家的裁判权，然后组成13名元老决定重大决策的协议制。1200年，北条时政铲除支持赖家的梶原家族，并在1203年软禁赖家，同时灭其岳父家族，立其弟实朝为将军，自己以辅助将军的名义掌握幕府大权，被称为“执权”。翌年时政杀害赖家，但在政子的反对下，时政被迫引退，由其子北条义时掌握幕政。1213年，义时灭侍所别当和田义盛及其家族，巩固了其执权的地位。但此时实朝已经成人，并积极参与幕政，喜爱公家文化，与朝廷关系颇佳。1219年，实朝在就任右大臣仪式的途中被其侄公晓所杀，公晓亦被杀，源氏断绝。义时希望立皇族亲王为将军，但遭到后鸟羽上皇的反对，只好立源氏远亲摄关家三岁的藤原赖经为将军，自己继续掌握幕府政权，自此以后将军成为虚设。
幕府内部的争斗使本来就对武家政权不满的天皇朝廷提供了试图恢复公家权力的机会，1198年开始院政的后鸟羽上皇积极采取加强朝廷经济实力的措施，并通过恩赐土地的方式吸引近畿地区的武士以及对北条家族不满的御家人，在“北面武士”机构之外，还设置了“西面武士”组织。上皇拒绝了北条义时允许皇子做幕府将军的请求，并在1221年5月向各国武士颁布讨伐北条义时的院宣。时值承久三年，因而被称为“承久之乱”。但响应朝廷的武士并不多，而在北条政子的鼓动下，大多数御家人重新集结在幕府旗下，并从镰仓分兵东海、东山、北陆三路向京都方向进发。面对19万之多的幕府军队，万余名的朝廷军队一触即溃，不到一个月，幕府军就打败了朝廷军，并占领了京都。幕府立新天皇，将包括后鸟羽上皇在内的三位上皇流放到离岛，并处死参与计划讨幕的贵族与武士。天皇被处罚以及贵族被处死的事情前所未有，因而对当时的社会产生较大影响。幕府没收了参与讨幕贵族及武士的3000所领地，将其作为幕府的直辖领地，并任命在此次内乱中立有战功的御家人为新地头，称为“新补地头”，同时决定了新地头的俸禄标准。另外，幕府在京都设“六波罗府”，由北条义时之弟北条时房及其子北条泰时担任其长官——“六波罗探题”，取代过去的京都守护。其职责除警卫京都、监督皇室活动外，还兼有负责统帅西日本御家人以及执掌西日本的行政、司法等事务。“承久之乱”之后朝廷丧失了拥有军队的权力，皇位继承及朝廷政治也由幕府决定，国家权力严重倾向武家。