这项工作早在托木斯克失守的时候就已经开始了。当时，大公已经知道布卡拉埃米尔和与他结盟的可汗们亲自率领着鞑靼军团，但他并不知道，鞑靼首领的参谋正是伊万·奥加莱夫这名由他本人革去军街但他自己并不认识的俄罗斯军官。
开始，正是我们所看到的。当局催促伊尔库茨克省的居民们他们所住的城镇，不愿意到首府避难的人也必须转移到鞑靼人鞭长莫及的对岸。同时，靠着征收来的小麦和草料，这座远东地区最后的俄罗斯堡垒也为久围作好了物质上的准备。
建于一六一一年的伊尔库茨克城坐落在伊尔库特河与安加拉河的交汇处的右岸。两座木桥把城市与左岸的郊区连接起来，桥下的木桩间的空间足可以让船只通行无阻。在这个方向，防守是容易的：郊区的城镇已被放弃，木桥也被拆毁，敌人想在城中火力的压制下渡过这一段较宽的河面几乎不可能。
但是，敌人可以从安加拉河的上游和下游渡河，然后攻击伊尔库茨克没有城墙的东侧。
城里的劳力被组织起来不分昼夜地抢修城墙。大公在人们中间找到了热情，今后他还会在战斗中发现他们的勇敢。士兵、商人、流放犯、农民，所有的人都投入了守城工作。在鞑靼人到达安加拉河畔地区以前八天，一座土墙拔地而起，墙外新开挖的护城河里也注满了河水。现在，敌人无法轻易攻进城来了，他们不得不作长期围城的计划。
第三支鞑靼纵队——就是沿叶尼塞河谷开进的那支人马——在九月二十四日就到了能看见伊尔库茨克的地方，他们立即占领了城郊被遗弃的村庄。村里的房屋已被俄罗斯人拆掉，以免影响大公的炮兵射击；然而很不幸，城中的火炮并不够作战之需。
先期到达的鞑靼人扎下营来，等待着由埃米尔和他的盟友率领的另外两支人马。
九月二十五日，三支纵队在安加拉河畔会合。除了留守在已被攻占的主要城市的军队外，所有的鞑靼军队都由费奥法-可汗统一指挥。
伊万·奥加莱夫认为，在伊尔库茨克城下渡河是不现实的，于是大批鞑靼人改在下游几里处架起浮桥渡河。大公并没有试图制止敌人的行动，因为他的火炮太少，无法有效地拦阻敌人，只能起到骚扰的作用；相反，紧闭城门倒是更理智的决定。
鞑靼人占领右岸后逆流而上，直抵伊尔库茨克城下。他们沿途烧毁了坐落在河畔的山林中的总督夏季别墅，随后完成了对城市的包围。
伊万·奥加莱夫是一位能干的工程师，完全能很好地完成围城的部署；但物质的匮乏也影响了他的进度。因此，他曾经考虑对这座他梦寐以求的城市发动突袭。
然而形势迫使他改变了计划。一方面，托木斯克的战斗延缓了鞑靼人的进军速度；另一方面，在大公严令之下，城防工事修建得很快，使得他突袭的打算落了空。