禁军由军机处直接统辖。
厢兵即为地方驻军和常备军，全国共有一百二十万人。府兵即为后备役，全国共有五十万人，实行半军事训练半务农的屯田制。厢兵和府兵都由枢密院管辖。
而地方厢兵又分为五大都督府，每个都督府可视作一个大军区。分别有西北都督府、青冀都督府、江南都督府、巴蜀都督府和岭南都督府，每个都督府视其管辖划分兵力，有20万-30万不等。
每个军区的都督均为从二品。都督府形式上受枢密院领导，但实际上直接对内阁负责，并且任何军区都督都有直接向皇帝上奏的权利和定期向皇帝述职的义务。这是为了防止枢密院权力过大而失控。
每个大军区内部则根据行政区划，每一道设立一卫所，卫所长官为指挥使，正三品，统领全道的军事部队，对都督府负责而不受布政使管辖。卫所内则每州（郡）设置一都统司，每府（县）设立一个千户所。
每个都督府根据地方行政单位的重要性分配地方驻军，道的治州守军最多，州的治府也是重兵把守，以此类推。此外，每个都督府还要预留一半兵力集中管理，以备在紧急状态下不需要抽调驻军就可以立刻集中调遣大量部队供中央指挥。
至于府兵，则由枢密院设置专门机构，通过各级总兵统一领导，一旦需要动用府兵则命令逐级自上而下传递，可以做到将府兵完全控制在中央手中。
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