從皇室宗親到勛貴重臣，從軍隊到平民，全都奮起反抗。在各個城市、鄉鎮、村莊，中日雙方都展開了激烈的對抗戰，再輔以運動戰、游擊戰，給予日軍沉重打擊。朱氏皇族無論直系還是旁支，往往身先士卒，寸土必爭，死戰不退。在戰鬥中為國捐軀的宗室親王、郡王、國公、侯爺、伯爵、將軍不計其數，當然也有許多出身勛貴和寒門的勇將。在他們的領導與激勵下，中方屢次取得大勝，殲滅日軍數個精銳師團和艦隊，擊斃十餘位海陸空高級將領，將侵華日軍消滅了大半。
日方久攻不下，漸顯敗象。為挽回敗局，日方高層竟喪心病狂地向中國戰場投入生化武器，發動細菌戰。
臭名昭著的七三一部隊同樣在這個世界出現，他們在中華聯邦各地區用中國人做慘無人道的人體實驗，研製出各種傳染性病毒，投放戰場後引發大面積蔓延的天花、鼠疫、傷寒等疾病，使中華聯邦的軍民大量死亡，在這場多病毒融合變異而引起的傳染風暴中死亡的中國人多達五千餘萬，其中有多位抗日名將竟然全家皆亡甚至舉族盡滅。
朱氏皇族在這場橫掃全國的大瘟疫中也病死了上萬人，大多是老人、女眷和孩子，還有一萬多人雖僥倖存活，卻留下永久性殘疾。
十萬宗室迅速凋零，損失極其慘重。
日本挑起細菌戰之後不到三個月，便有一位民族英雄橫空出世。他推出了各種傳染病疫苗和治療新藥，挽救了無數中國人的性命，尤其是對戰事舉足輕重的皇族、內閣重臣、勛貴與軍中將領，染病的人有大半都被他從死亡線硬拉回來，並完全治癒，可以立即投入戰鬥。
與此同時，他還匪夷所思地培養出精準靶向攻擊的傳染性病毒，然後由怒火衝天的皇室與軍隊聯合派出敢死隊，提著各種攜帶細菌病毒的老鼠、蒼蠅、蚊子潛到日軍營地附近釋放。還有一些精通日語的年輕人偽裝成東洋人，登上東渡的輪船，將那些病毒細菌帶到日本四島，甚至送進了皇宮。
這種精準靶向攻擊的傳染性病毒非常神奇，只傳染日本血脈占七成以上的東洋人，如果是混血，基本上不會傳染或是只會有輕微疾病，當感冒治就可以痊癒。凡是感染病毒的東洋人，會在七天之內死亡，無藥可治。死前經歷百般痛苦，高燒、咳嗽、吐血、臟腑衰敗甚至融解，而意識卻始終清醒，直至死亡降臨。
這位英雄以一己之力幾乎滅絕了驕橫不可一世的大和民族，逼得日本很快就宣布投降。侵華戰爭只持續了四年，便乾脆利落地結束了。
作為戰勝國，而且勝利方式讓西方列強非常忌憚的一個國家，中華聯邦參加了同盟國討論戰後利益劃分的雅爾達會議。