但是，这不代表人民没有统一的意愿，也不代表德意志将永远分裂下去。
1512年，马丁.路德发表《九十五条论纲》，反对赎罪券的销售，抨击天主教会，从而拉开了宗教改革的大幕。新教信仰如暴风骤雨一般扫过德意志。在这一片如同烧开的岩浆一般的大地上，一个民族正在形成。对腐败的、由意大利人主导的罗马教廷，成为了德意志民族意识萌发的爆发点。德国人忽然意识到，那些意大利人把德国人辛辛苦苦挣来的银币巧取豪夺骗去罗马，以支持他们那穷奢淫欲的生活。德意志人的怒火爆发开来，教廷成为了德国的公敌。
就在这宗教改革的大潮中，德国人意识到，就是因为自己的分裂，以至于没能产生一位强有力的皇帝来保护自己免受教廷的压迫。德意志的有识之士开始追求德意志的统一之梦。
首先是马丁.路德。路德在1518—1520年间写作了《论教廷的罪恶》和《致德国诸侯书》，抨击教廷利用德国的分裂牟取暴利，并号召德意志的诸侯们团结起来，对抗“外国人”的天主教会。
1522年，德国西部爆发了“骑士战争”，其领导人弗兰茨.冯.济金根以新教为旗帜，号召德国人民和帝国骑士们联合起来，消灭德国的诸侯，并拥立一位强有力的皇帝，建立一个统一的、“德国人的”帝国。
1523年，德国南部爆发了农民战争，农民们组成的军队四处攻击贵族城堡，焚烧寺院。领导者之一闵采尔宣称要建立一个消灭了诸侯的“地上天国”。
但是现实是残酷的。
1522年，帝国骑士们被击败了。在骑士们五次对图尔城的悲壮围攻均不果后，出于对自己利益的考虑，新教诸侯和天主教诸侯联合起来讨伐骑士们。寡不敌众的骑士们战败了。济金根战死。
1523年农民战争失败了，闵采尔在受酷刑后被处决。
马丁.路德在1521年前对皇帝查理五世还心存幻想，希望皇帝能帮助他推进宗教改革，从而摆脱教会控制，加强皇权。但皇帝在1521年的乌尔姆斯帝国会议上宣布通缉路德，打破了这一幻想。路德继而期望诸侯们帮助他，为此他支持诸侯们消灭暴动的农民们。但是农民战争失败后，农民们惨遭屠杀的惨象使路德深深自责，认为是自己的学说打开了地狱之门。从此路德不问政治，专心宗教事务和对德国文字、语言的改进，直到他去世。